1.8featureCounts htseq实在太慢了,尝试一下featureCounts 1.下载安装 https://sourceforge.net/projects/subread/ 或者 sudo apt install subread # 1.6.0 当前最新版为1.6.4 conda subread 2.参数相关 基础和htseq-count类似,-a *.gtf -o *.count -i *.bam featureCounts -h option分以下几部分,第一部分...
所以,就是要用gffread软件,把.gff3格式的注释文件,转换成.gtf格式,操作如下: conda install -c bioconda gffread # 安装软件 gffread genome.gff3 -T -o genome.gtf # gff与gtf转化 在解决这个问题的过程中,学到的最关键的方法就是: 如果在网上搜索了个把小时,依旧没有搜到想要的答案,就可以停下来,问一问...
我们嫌弃HTseq-count软件运行速度太慢,所以才想着featureCounts,所以一切都得使用https://github.com/vivekbhr/Subread_to_DEXSeq的脚本了。 conda activate rna gtf=/home/yb77613/biosoft/Subread_to_DEXSeq/gencode.v32.annotation.gtf#gtf=/home/yb77613/biosoft/Subread_to_DEXSeq/out_gv32.gtffeatureCounts-f...
conda install -y subread bedtools deeptools conda install -y salmon=1.4.0 conda install -y -c bioconda suppa 下载参考转录组fasta序列文件然后使用hisat2构建index文件 这里我们直接使用服务器现成的hisat2的index文件 (其实就是hisat2官网下载的,无需自己构建) $ ls -lh /home/data/server/reference/ind...
conda activate rna gtf=/home/yb77613/biosoft/Subread_to_DEXSeq/gencode.v32.annotation.gtf #gtf=/home/yb77613/biosoft/Subread_to_DEXSeq/out_gv32.gtf featureCounts-f-O-p-T4-FGTF\-a ok.gtf \-o test.txt../star/SRR2016941.bam-o npc2_fCount.out.txt../star/*bam 1>counts.id.log ...
conda install -y subread bedtoolsdeeptoolsconda install -y salmon=1.4.0 conda install -y -c bioconda suppa ### 下载参考转录组fasta序列文件然后使用hisat2构建index文件 这里我们直接使用服务器现成的hisat2的index文件 (其实就是hisat2官网下载的,无需自己构建) ...
conda install -c sortmerna --yes conda install -c bioconda star --yes conda install -c bioconda subread --yes conda install -c bioconda multiqc --yes conda install -c bioconda r-base 流程所需要的R包: 代码语言:javascript 复制 # method1 if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE...
conda activate rna gtf=/home/yb77613/biosoft/Subread_to_DEXSeq/gencode.v32.annotation.gtf #gtf=/home/yb77613/biosoft/Subread_to_DEXSeq/out_gv32.gtf featureCounts -f -O -p -T 4 -F GTF \ -a ok.gtf \ -o test.txt ../star/SRR2016941.bam ...
featureCounts 需要两个输入文件: 1.比对产生的BAM/ SAM文件 2.区间注释文件(GTF格式,SAF格式) 使用featureCounts对bam文件进行定量具体流程 cd $HOME/project/Human-16-Asthma-Trans/Expression/featureCounts ## 定义输入输出文件夹gtf=/home/t_rna/database/GRCh38.104/Homo_sapiens.GRCh38.104.chr.gtf.gzinputdir...
conda activate rna gtf=/home/yb77613/biosoft/Subread_to_DEXSeq/gencode.v32.annotation.gtf #gtf=/home/yb77613/biosoft/Subread_to_DEXSeq/out_gv32.gtf featureCounts -f -O -p -T 4 -F GTF \ -a ok.gtf \ -o test.txt ../star/SRR2016941.bam ...