-F:指定注释文件的格式。可接受的格式包括GTF和SAF。默认情况下,C版本的featureCounts程序接受GTF格式注释,R版本接受SAF格式注释。 -g <string>:指定在提供GTF注释时用于将feature(例如外显子)分组为meta-feature(例如基因)的属性类型。默认为gene-id。这种属性类型通常是基因标识符。该参数对于meta-feature水平的...
研究人和鼠推荐用gencode数据库的文件GENCODE,比较常用的还有UCSC的refGene.gtf文件,下载地址在https://hgdownload.soe.ucsc.edu/(若想下载其他gtf文件则将网址中mm10替换即可,如hg38)。 featureCounts详细使用方法见转录组定量可以用替换featureCounts代替HTSeq-count (qq.com),常用参数如下: 代码如下: vim 4_counts...
-t指定feature的类型,默认是exon,当然gtf里面还有gene、CDS或者直接以feature命名的分类方式。 其它参数: -f参数该参数设置后统计的是feature层面(默认是exon)的参数,如果不设置则是直接统计meta-feature参数(即一个gene中的多个exon) 第一种:一开始我没有设置-f参数,只是这样设置-t exon,结果如下图: 这时按exon...
gtf="gencode.vM25.chr_patch_hapl_scaff.annotation.gtf"### gene_id to gene_name grep'gene_id'$gtf|awk-F'gene_id \"''{print $2}'|awk-F'\"''{print $1}'>gene_id_tmp grep'gene_id'$gtf|awk-F'gene_name \"''{print $2}'|awk-F'\"''{print $1}'>gene_name_tmp paste gen...
featureCounts的参数较多,但我们在一般情况下只需要使用常用的参数就行。 与htseq-count相同: -a 输入GTF/GFF基因组注释文件 -p 这个参数是针对paired-end数据 -F 指定-a注释文件的格式,默认是GTF -g 从注释文件中提取Meta-features信息用于read count,默认是gene_id ...
featureCounts详细使用方法见转录组定量可以用替换featureCounts代替HTSeq-count (qq.com),常用参数如下: 代码如下: vim4_counts_featurecounts.sh ###echo-e"\n \n \n444# Count #featureCounts !!! \n \n \n"date###set###set###setgtf='/home/reference/gtf/gencode/gencode.vM25.chr_patch_hapl...
-a参数指定的区间注释文件,默认是gtf格式;-T参数指定线程数,默认是1;-t参数指定想要统计的feature的名称,取值范围是gtf 文件中的第3列的值,默认是exon;-g参数 指定想要统计的meta-feature的名...
-o test.txt ../star/SRR2016941.bam -o npc2_fCount.out.txt ../star/*bam1>counts.id.log2>&1& 重点是 -O 参数, 统计所有重叠的的meta-features的reads (或-f参数指定的feature)。 #
-a参数指定的区间注释文件,默认是gtf格式;-T参数指定线程数,默认是1;-t参数指定想要统计的feature的名称,取值范围是gtf 文件中的第3列的值,默认是exon;-g参数 指定想要统计的meta-feature的名称,取值范围参考gtf第9列注释信息,gtf的第9列为key=value的格式,-g参数可能的取值就是所有的key, 默认值是gene_id。
-a参数指定的区间注释文件,默认是gtf格式;-T参数指定线程数,默认是1;-t参数指定想要统计的feature的名称,取值范围是gtf 文件中的第3列的值,默认是exon;-g参数 指定想要统计的meta-feature的名称,取值范围参考gtf第9列注释信息,gtf的第9列为key=value的格式,-g参数可能的取值就是所有的key, 默认值是gene_id。