-p:指定输入数据包含paired-end reads。如果输入read的类型(单端或成对端)与指定的类型不同,featureCounts将终止。要计算paired-end reads的fragment(而不是read),还应指定--countReadPairs参数。 -P:如果指定,将fragment分配给meta-feature或feature时,将检查fragment长度。此选项仅适用于fragment count。应该使用-d...
转录组定量分析,就像是一把精准的尺子,帮助我们测量每个基因表达的“产量”。前面我们一起学习了RSEM和StringTie,今天,继续学习一个在转录组定量分析中非常厉害的工具——FeatureCounts。 FeatureCounts 是一款快速且准确的将测序 reads 分配到基因组特征(如基因、外显子等)的软件,主要用于 RNA-Seq 数据的定量分析。它...
featureCounts 软件问题 RNA-seq流程上游最后一步需要对基因或者转录本进行定量,featureCounts这款软件在对基因进行定量时,我们需要指定-t exon参数, 在定量的结果文件中会有基因长度这一列: 但是没有仔细去研究这个基因长度是怎么计算出来的, 去看这个软件官方> 文档也没有仔细说明,那就只有自己去探索了。 是不是选...
featureCounts \ -a ../genome/genomic.gtf \#指定基因组注释文件-p \#PE模式-T 50 \ -o result/featureCounts_InOutput/matrix.txt \#指定输出文件STAR/*.sortedByCoord.out.bam#这指定了输入的 BAM 文件, 是STAR进行比对后的文件 参数说明 下面对几个常用的选项详细解释一下: -a:指定基因组注释文件 -p...
1. 输入参数设置 在使用FeatureCounts进行基因表达计数分析时,首先需要设置输入参数。针对不同的测序数据类型和实验设计,FeatureCounts提供了多种参数可供选择。用户可以设置对单端或双端数据进行处理,还可以选择是否考虑多映射reads等。在设置参数时,需要根据实际情况和研究的目的来进行选择,以保证分析结果的可靠性和准确性...
利用featureCounts 进行Bam文件中每个基因匹配的reads计数 -T用于指定使用的CPU线程数 -t 用来指定注释信息的feature type,默认为exon -p用来指定bam文件是双端测序比对获得的,双端测序不添加此参数会报错 -g Specify attribute type in GTF annotation. 'gene_id' by default. Meta-features used for read counting...
-a参数指定的区间注释文件,默认是gtf格式;-T参数指定线程数,默认是1;-t参数指定想要统计的feature的名称,取值范围是gtf 文件中的第3列的值,默认是exon;-g参数 指定想要统计的meta-feature的名...
index='/home/reference/index/hisat/mm10/genome'mkdir-p~/test/align/flag cd~/test/align/pwd cat~/test/idname|whileread iddoecho"333# ${id} ${id} ${id} is on the hisat2 Working !!!"### paired ### hisat2-t-p12-x $index \-1~/test/clean/${id}_*1*gz ...
featureCounts常用参数 -a # 输入GTF/GFF基因组注释文件(annotation file) -F # 指定区间注释文件的格式,默认是GTF -o # 输出文件:可输出raw counts的txt文本及raw counts的summary文本 -p # 针对paired-end数据 -g # 指定统计的meta-feature名称,默认是gene_id ...