featureCounts 软件问题 RNA-seq流程上游最后一步需要对基因或者转录本进行定量,featureCounts这款软件在对基因进行定量时,我们需要指定-t exon参数, 在定量的结果文件中会有基因长度这一列: 但是没有仔细去研究这个基因长度是怎么计算出来的, 去看这个软件官方> 文档也没有仔细说明,那就只有自己去探索了。 是不是选...
-p:指定输入数据包含paired-end reads。如果输入read的类型(单端或成对端)与指定的类型不同,featureCounts将终止。要计算paired-end reads的fragment(而不是read),还应指定--countReadPairs参数。 -P:如果指定,将fragment分配给meta-feature或feature时,将检查fragment长度。此选项仅适用于fragment count。应该使用-d...
featureCounts的参数较多,但我们在一般情况下只需要使用常用的参数就行。 与htseq-count相同: -a 输入GTF/GFF基因组注释文件 -p 这个参数是针对paired-end数据 -F 指定-a注释文件的格式,默认是GTF -g 从注释文件中提取Meta-features信息用于read count,默认是gene_id ...
featureCounts \ -a ../genome/genomic.gtf \#指定基因组注释文件-p \#PE模式-T 50 \ -o result/featureCounts_InOutput/matrix.txt \#指定输出文件STAR/*.sortedByCoord.out.bam#这指定了输入的 BAM 文件, 是STAR进行比对后的文件 参数说明 下面对几个常用的选项详细解释一下: -a:指定基因组注释文件 -p...
1. 输入参数设置 在使用FeatureCounts进行基因表达计数分析时,首先需要设置输入参数。针对不同的测序数据类型和实验设计,FeatureCounts提供了多种参数可供选择。用户可以设置对单端或双端数据进行处理,还可以选择是否考虑多映射reads等。在设置参数时,需要根据实际情况和研究的目的来进行选择,以保证分析结果的可靠性和准确性...
featureCounts-T6-p-t exon-g gene_id-a test.annotation.gtf-o test_featureCounts.txt test.sorted.bam 参数说明-a:输入GTF/GFF注释文件-p:针对paired-end reads-F:-a参数的是个,默认为GTF-g:选择哪个部分作为reads count;默认为gene_id-t:与-g类似,默认为exon-o:输出文件-T:线程数 ...
-p能用在paired-end的情况中,会统计fragment而不统计read -t指定feature的类型,默认是exon,当然gtf里面还有gene、CDS或者直接以feature命名的分类方式。 其它参数: -f参数该参数设置后统计的是feature层面(默认是exon)的参数,如果不设置则是直接统计meta-feature参数(即一个gene中的多个exon) ...
按名称排序的paired-end reads有时与featureCounts不兼容，此时，软件也会自动重新排序reads。read alignment与read quantification应使用相同的参考基因组。BAM/SAM文件提供映射到参考染色体或contig的read名称、起始位置和CIGAR字符串，该字符串给出详细的比对信息。在进行读取量化时，可以提供特链特异性信息，...
基因/转录本/任意特征 表达定量工具之featureCounts使用方法 | 参数详解 2018-03-27 17:49 −... Life·Intelligence 0 13616 ArrayList实现原理(JDK1.8) 2019-11-30 19:14 −### ArrayList实现原理(JDK1.8) ...