-T <int>:运行线程数,1~32,默认1 -v:输出程序版本−−byReadGroup:按read分组count read。read分组在BAM/SAM输入文件的表头中标识,生成的count表将包括每个库中每个组的counts。−−countReadPairs:reads对将被计数,而不是reads。该参数仅适用于paired-end数据。−−donotsort:如果指定,即使在输入中...
RNA-seq流程上游最后一步需要对基因或者转录本进行定量,featureCounts这款软件在对基因进行定量时,我们需要指定-t exon参数, 在定量的结果文件中会有基因长度这一列: 但是没有仔细去研究这个基因长度是怎么计算出来的, 去看这个软件官方> 文档也没有仔细说明,那就只有自己去探索了。 是不是选的最长的转录本? 提取...
featureCounts 非常的灵活,默认情况下是以外显子(exon)为单位 feature , 基因(gene)由多个外显子构成是 meta-feature。 featureCounts 会自动汇总外显子计数给基因。这个默认可以根据自己需要进行修改,分别是-t和-g参数。 featureCounts默认不计算比对到多个 feature 上的 reads,如果是双端测序那就是 fragment(插入片...
1. 输入参数设置 在使用FeatureCounts进行基因表达计数分析时,首先需要设置输入参数。针对不同的测序数据类型和实验设计,FeatureCounts提供了多种参数可供选择。用户可以设置对单端或双端数据进行处理,还可以选择是否考虑多映射reads等。在设置参数时,需要根据实际情况和研究的目的来进行选择,以保证分析结果的可靠性和准确性...
-T : 线程数,默认是1 -t : 想要统计的feature 的名称, 取值范围是gtf 文件中的第3列的值,默认是exon -g : 想要统计的meta-feature 的名称,取值范围参考gtf 第9列注释信息,gtf 的第9列为 key=value 的格式, -g 参数可能的取值就是所有的key, 默认值是gene_id ...
-a 输入GTF/GFF基因组注释文件 -p 这个参数是针对paired-end数据 -F 指定-a注释文件的格式,默认是GTF -g 从注释文件中提取Meta-features信息用于read count,默认是gene_id -t 跟-g一样的意思,其是默认将exon作为一个feature -o 输出文件名称 -T 线程数目...
-T# 线程数目,1~32 # 下面是有关featrue/metafeature选择的参数 参数说明 -g < string ># 当参考的gtf提供的时候,我们需要提供一个id identifier 来将feature水平的统计汇总为meta-feature水平的统计,默认为gene_id,注意!选择gtf中提供的id identifier!!!
grep -v '^__' ${i}/${i}.readsCount | sed "1 iGene\t${i}" >${i}/${i}.readsCount2 done & 1. 2. 3. 4. 用软件,看别人分享的教程是一个快捷的方式。但也要看软件手册,看看哪些参数适合自己的物种、数据,再进行分析,不能别人用什么、怎么用,自己完全跟随。
如果输入包含位置排序的paired-end reads，featureCounts会自动重新排列reads顺序，将来自同一对的reads并排放置，然后进行计数。按名称排序的paired-end reads有时与featureCounts不兼容，此时，软件也会自动重新排序reads。read alignment与read quantification应使用相同的参考基因组。BAM/SAM文件提供映射到参考...