featurecounts 参数featurecounts参数 featurecounts是一种常用的基因及转录本计数工具,可以统计RNA-seq测序数据中的基因和转录本的表达量。在使用featurecounts时,需要设置一些参数以使其能够正确地执行。下面是一些常见的featurecounts参数及其含义: 1. -t <feature_type>:设置要计数的特征类型,如gene、transcript、exon等。
输出参数指的是FeatureCounts输出结果的格式和保存路径等信息。在FeatureCounts中,输出参数包括以下内容: -t或--outputFormat。指定输出格式,如txt(默认)、sam、bam、bed等。 -o或--outputFile。指定输出文件名,默认为standard output。 -q或--quiet。不输出进度信息。默认为不静默(-q 0)。 -r或--read2pos。将...
转录组定量-featureCounts 不同参数的结果比较: 1 featureCounts -p -Q 10 -s 0 -T $cpu -a $gtf-o $out_dir/${sName}.all.counts.txt $out_dir/${sName}.hg19Aligned.out.bam 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 || Threads :...
-t 指定feature的类型,默认是exon,当然gtf里面还有gene、CDS或者直接以feature命名的分类方式。 其它参数: -f参数该参数设置后统计的是feature层面(默认是exon)的参数,如果不设置则是直接统计meta-feature参数(即一个gene中的多个exon) 第一种:一开始我没有设置-f 参数,只是这样设置-t exon, 结果如下图: 这时按...
1、当我们想对feature水平进行统计的时候,需要设置-f参数 featureCounts -T 10 -a $gtf -o read.count -p -B -C -f -t exon -g gene_id *.bam 2、当我们想对meta-feature水平进行统计的时候,不能设置-f参数 featureCounts -T 10 -a $gtf -o read.count -p -B -C -f -t exon -g gene_id...
主要参数包括：-a用于指定注释文件，-o指定结果输出目录及文件名，-p在paired-end情况下使用，统计fragment而非read，-t指定feature类型，默认为exon，可选择其他如gene、CDS或自定义分类。其他参数包括-f参数，设置后统计的是feature层面（默认为exon），未设置则直接统计Metafeature参数，即一个基因中的...
featureCounts -t exon -g gene_id -a annotation.gtf -o counts.txt library1.bam library2.bam library3.bam -a 参数指定的区间注释文件,默认是 gtf 格式;-T 参数指定线程数, 默认是 1;-t 参数指定想要统计的 feature 的名称,取值范围是 gtf 文件 中的第 3 列的值,默认是 exon;-g 参数 指定想要统...
salmon index-p12-t~/reference/ensembl/grcm38.cdna.fa.gz -i ./ 2. salmon定量基因 使用salmon quant命令对clean fastq文件直接进行基因定量,主要参数如下: vim 3333_salmon.sh ### echo -e '\n \n \n ### salmon quant is Working !!! \n \n' #...
featureCounts的参数有点多,可用-h先查看下 ~/biosoft/subread/subread-1.6.0-Linux-x86_64/bin/featureCounts -h 按照官网教程简单使用下: ~/biosoft/subread/subread-1.6.0-Linux-x86_64/bin/featureCounts -T 6 -p -t exon -g gene_id -a ~/annotation/mm10/gencode.vM13.annotation.gtf -o SRR35899...