4. -s <strandness>:设置测序数据的链特异性。可选值为0、1、2,分别表示不确定、同链、反链。默认为0。 5. -M:多重映射模式。如果一个read可以匹配到多个特征,则该参数指示featurecounts如何处理这种情况。可选值为0、1、2,分别表示直接计入所有特征、计入主要特征、计入所有特征并按权重分配。默认为0。 6....
featureCounts中添加了新的参数--countReadPairs,以明确指定将对读取对进行计数,featureCounts中的-p选项现在仅指定输入读取是否为配对结束(它还暗示在以前的版本中将执行读取对的计数) 所以如果你在你的featureCounts中添加了-p但是没有添加--countReadPairs参数,得到的结果依然会是按照单端测序进行reads计数 #正确的方法...
分析参数指的是FeatureCounts进行基因表达分析时所使用的统计方法和计数方法等。在FeatureCounts中,分析参数有以下几个: -s或--strandness。指定测序方向。默认为0(自动检测),1(反义链),2(正义链)。 -m或--minOverlap。指定reads与特征的最小重叠长度。默认为1(至少有1个碱基重叠)。 -M或--maxOverlap。指定read...
其它参数: -f参数该参数设置后统计的是feature层面(默认是exon)的参数,如果不设置则是直接统计meta-feature参数(即一个gene中的多个exon) 第一种:一开始我没有设置-f 参数,只是这样设置-t exon, 结果如下图: 这时按exon分类进行统计,但是由于没有设置-f,在同一个gene内的exon会被统计成一个meta-feature,但是...
不同参数的结果比较: 1 featureCounts -p -Q 10 -s 0 -T $cpu -a $gtf-o $out_dir/${sName}.all.counts.txt $out_dir/${sName}.hg19Aligned.out.bam 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 || Threads : 1 || || Level : ...
featurecounts使用参数 "-s <0|1|2> " 来定义链特异性,”0“ 表示普通文库,默认;”1“表示stranded链;”2“表示reversely stranded; 测序方案是链特异性文库。在使用Hisat2或 STAR等比对工具时,通过指明链特异性的参数,会在生成的bam文件中对每一条read添加 “ read 方向” 信息,featurecounts 通过 -s 参数...
基因/转录本/任意特征 表达定量工具之featureCounts使用方法 | 参数详解 2018-03-27 17:49 −... Life·Intelligence 0 13616 ArrayList实现原理(JDK1.8) 2019-11-30 19:14 −### ArrayList实现原理(JDK1.8) ...
STAR比对参数很多,其中有一个quantMode,可以指定--quantMode GeneCounts输出STAR计算出的reads计数结果。(更多常用参数见 STAR比对线程也不是越多越好,多少是好?) 格式如下,有4列,各自解释如下: trt_N061011.ReadsPerGene.out.tab: 每个基因的reads count,链非特异性RNASeq选第2列。column 1: gene IDcolumn ...