使用featurecounts时候,我们通常的命令及参数是: gtf="/home/yb77613/reference/gtf/gencode/gencode.v32.annotation.gtf" bin_featureCounts="/home/yb77613/biosoft/featureCounts/subread-1.5.3-Linux-x86_64/bin/featureCounts"; $bin_featureCounts -T 4 -p -t exon -g gene_name -a $gtf -o all.coun...
-f参数该参数设置后统计的是feature层面(默认是exon)的参数,如果不设置则是直接统计meta-feature参数(即一个gene中的多个exon) 第一种:一开始我没有设置-f 参数,只是这样设置-t exon, 结果如下图: 这时按exon分类进行统计,但是由于没有设置-f,在同一个gene内的exon会被统计成一个meta-feature,但是每个exon仍...
featureCounts 非常的灵活,默认情况下是以外显子(exon)为单位 feature , 基因(gene)由多个外显子构成是 meta-feature。 featureCounts 会自动汇总外显子计数给基因。这个默认可以根据自己需要进行修改,分别是-t和-g参数。 featureCounts默认不计算比对到多个 feature 上的 reads,如果是双端测序那就是 fragment(插入片...
-t : 想要统计的feature 的名称, 取值范围是gtf 文件中的第3列的值,默认是exon -g : 想要统计的meta-feature 的名称,取值范围参考gtf 第9列注释信息,gtf 的第9列为 key=value 的格式, -g 参数可能的取值就是所有的key, 默认值是gene_id 其他的一些参数可以根据自己的目的,实际做调整。 输出结果的解读:...
featureCounts常用参数 -a # 输入GTF/GFF基因组注释文件(annotation file) -F # 指定区间注释文件的格式,默认是GTF -o # 输出文件:可输出raw counts的txt文本及raw counts的summary文本 -p # 针对paired-end数据 -g # 指定统计的meta-feature名称,默认是gene_id ...
1. 输入参数设置 在使用FeatureCounts进行基因表达计数分析时,首先需要设置输入参数。针对不同的测序数据类型和实验设计,FeatureCounts提供了多种参数可供选择。用户可以设置对单端或双端数据进行处理,还可以选择是否考虑多映射reads等。在设置参数时,需要根据实际情况和研究的目的来进行选择,以保证分析结果的可靠性和准确性...
按名称排序的paired-end reads有时与featureCounts不兼容，此时，软件也会自动重新排序reads。read alignment与read quantification应使用相同的参考基因组。BAM/SAM文件提供映射到参考染色体或contig的read名称、起始位置和CIGAR字符串，该字符串给出详细的比对信息。在进行读取量化时，可以提供特链特异性信息，...
主要参数包括：-a用于指定注释文件，-o指定结果输出目录及文件名，-p在paired-end情况下使用，统计fragment而非read，-t指定feature类型，默认为exon，可选择其他如gene、CDS或自定义分类。其他参数包括-f参数，设置后统计的是feature层面（默认为exon），未设置则直接统计Metafeature参数，即一个基因中的...
快速使用 featureCounts \ -a ../genome/genomic.gtf \#指定基因组注释文件-p \#PE模式-T 50 \ -o result/featureCounts_InOutput/matrix.txt \#指定输出文件STAR/*.sortedByCoord.out.bam#这指定了输入的 BAM 文件, 是STAR进行比对后的文件 参数说明 ...