featurecounts是一种常用的基因及转录本计数工具,可以统计RNA-seq测序数据中的基因和转录本的表达量。在使用featurecounts时,需要设置一些参数以使其能够正确地执行。下面是一些常见的featurecounts参数及其含义: 1. -t <feature_type>:设置要计数的特征类型,如gene、transcript、exon等。默认为gene。 2. -g <attribute...
featureCounts -T 8 -p -B -C -t exon -g gene_id -a gene_annotation.gtf -o gene_counts.txt aligned_reads.sam 其中-T参数指定使用8个线程,-p参数使FeatureCounts在扫描时不考虑次要对齐位点,-B参数要求FeatureCounts对碱基进行对齐,-C参数指定将碱基质量值保存到输出中,-t exon参数指定计算外显子信息,...
1.7G 2月 18 10:02 SRR1513332_1_val_1.fq.gz 1.7G 2月 18 10:02 SRR1513332_2_val_2.fq.gz 1.9G 2月 18 11:15 SRR1513333_1_val_1.fq.gz 1.9G 2月 18 11:15 SRR1513333_2_val_2.fq.gz 1.7G 2月 18 18:04 SRR1513334_1_val_1.fq.gz 1.7G 2月 18 18:04 SRR1513334_2_val_2...
1、当我们想对feature水平进行统计的时候,需要设置-f参数 featureCounts -T 10 -a $gtf -o read.count -p -B -C -f -t exon -g gene_id *.bam 2、当我们想对meta-feature水平进行统计的时候,不能设置-f参数 featureCounts -T 10 -a $gtf -o read.count -p -B -C -f -t exon -g gene_id...
featureCounts -t exon -g gene_id -a annotation.gtf -o counts.txt library1.bam library2.bam library3.bam 下面对几个常用的选项详细解释一下: -a : 指定的区间注释文件,默认是gtf格式 -T : 线程数,默认是1 -t : 想要统计的feature 的名称, 取值范围是gtf 文件中的第3列的值,默认是exon ...
featureCounts --primary -M -T 64 -t CDS -g gene_id -a $gtf -o featurecount.txt *.sort.bam 可以不看此,这是针对每一个组分别进行feature定量: for id in $(ls ./*sorted.bam | sed 's/.sorted.bam//');do echo "featureCounts --primary -M -T 10 -t CDS -g transcript_id -a /...
# 1.4G 2月 17 16:50 gencode.v37.annotation.gtf 使用conda创建rna小环境: 代码如下: conda create -n rna conda activate rna conda install -y trim-galore # python-3.7.9 | 57.3 MB, openjdk-10.0.2 | 189.2 MB conda install -y star hisat2 bowtie2# 没有其它依赖 ...
featureCounts -t exon -g gene_id -a annotation.gtf -o counts.txt library1.bam library2.bam library3.bam -a 参数指定的区间注释文件,默认是 gtf 格式;-T 参数指定线程数, 默认是 1;-t 参数指定想要统计的 feature 的名称,取值范围是 gtf 文件 中的第 3 列的值,默认是 exon;-g 参数 指定想要统...
3.0G 2月 18 20:53 SRR1513333.hisat.bam 2.6G 2月 18 20:53 SRR1513334.hisat.bam 走featureCounts定量流程 featureCounts命令的参数多种多样,可以设置基于基因的ID或者名字来进行计算表达量,或者基于外显子来。 gtf=$HOME/rna/SUPPA2/gtf/gencode.v37.annotation.gtf ...
cd bin ls 五、软件使用: 基本表达式 featureCounts [options] 参数说明 使用示例: $ /home/software/subread-2.0.2-Linux-x86_64/bin/featureCounts -T 5 -t exon -g gene_id -a/path-to-gtf/ERCC.gtf-o /path-to-output/all.id.txt*.bam1>counts.id.log 2>&1 链接:https:/...