featureCounts程序使用GTF格式注释 (或SAF格式注释中的GeneID列) 中可用的gene_id属性将feature分组为meta-feature,即属于同一meta-feature的feature具有相同的基因标识符。 featureCounts可以进行feature或meta-feature水平的reads count。当在meta-feature水平进行ead summarization时,对于包括在同一meta-feature中的feature所...
which python which pip pip install HTSeq cd ~/biosoft/Subread_to_DEXSeq python dexseq_prepare_annotation2.py -f out_gv32.gtf gencode.v32.annotation.gtf out_gv32.gff 速度很快,得到的文件如下: 这个时候,需要记住的是,gtf文件可以被featureCounts用来定量,而后缀为gff的文件,是DEXSeq包需要的。 检查两...
有时候进行比对的物种没有GTF文件,需要转化GFF为GTF文件才能用于featureCounts计数,这时需要用到gffread这个软件,进行以下操作: conda install -y -c bioconda gffread gffread genomic.gff -T -o genomic.gtf
featurecount的 "-t" 参数:设置feature-type,“-t” 指定的必须是gtf中有的feature,同时read只有落到这些feature上才会被统计到,默认是“exon”,即以exon为最小单位(feature)去回帖计数。 featurecount的 "-f" 参数:设置之后将会统计feature层面的数据,如exon-level;否则会统计meta-feature层面的数据,如gene-level...
python dexseq_prepare_annotation2.py-f out_gv32.gtf gencode.v32.annotation.gtf out_gv32.gff 速度很快,得到的文件如下: image-20191104184822694 这个时候,需要记住的是,gtf文件可以被featureCounts用来定量,而后缀为gff的文件,是DEXSeq包需要的。 检查两个文件 ...
featureCounts -t exon -g gene_id -a annotation.gtf -o counts.txt library1.bam library2.bam library3.bam 下面对几个常用的选项详细解释一下: -a : 指定的区间注释文件,默认是gtf格式 -T : 线程数,默认是1 -t : 想要统计的feature 的名称, 取值范围是gtf 文件中的第3列的值,默认是exon ...
使用GitHub代码对gtf文件进行预处理: whichpython whichpip pip install HTSeq cd~/biosoft/Subread_to_DEXSeq python dexseq_prepare_annotation2.py -f out_gv32.gtf gencode.v32.annotation.gtf out_gv32.gff 速度很快,得到的文件如下: image-20191104184822694 这个时候,需要记住的是,gtf文件可以被featureCounts用...
python dexseq_prepare_annotation2.py-fout_gv32.gtf gencode.v32.annotation.gtf out_gv32.gff 速度很快,得到的文件如下: 这个时候,需要记住的是,gtf文件可以被featureCounts用来定量,而后缀为gff的文件,是DEXSeq包需要的。 检查两个文件 首先看看后缀为gff的文件,是DEXSeq包需要的: ...
STAR有一个参数-quantMode,可以指定--quantMode GeneCounts输出STAR计算出的reads计数结果,如果是比对完之后未做转录本拼装,直接对已知基因(构建基因组索引时GTF中囊括的基因)进行定量时,完全不需要再次用featureCounts或HTSeq再计算reads count。以后试试。
featureCounts 需要两个输入文件: 1.比对产生的BAM/ SAM文件 2.区间注释文件(GTF格式,SAF格式) 使用featureCounts对bam文件进行定量具体流程 cd $HOME/project/Human-16-Asthma-Trans/Expression/featureCounts ## 定义输入输出文件夹gtf=/home/t_rna/database/GRCh38.104/Homo_sapiens.GRCh38.104.chr.gtf.gzinputdir...