featureCounts是一个通用的read定量工具,它将映射reads (RNA-seq reads或基因组DNA-seq reads) 分配给基因组features或meta-features。features是一个参考序列上的区间 (位置范围)。meta-features是表示感兴趣的生物结构的一组features。例如,features通常对应于外显子,meta-features对应于基因。在GTF或SAF注释中共享相同...
featuresCounts软件用于统计基因/转录本上mapping的reads数,也就是用于raw count定量。该软件不仅支持基因/转录本的定量,也支持exon, gene bodies, genomic bins, chromsomal locations等区间的定量。 官网如下 http://bioinf.wehi.edu.au/featureCounts/ featureCounts集成在subreads 软件中, 类似 word 和 office 的关...
FeatureCounts的定量原理如下: 1.特征注释:FeatureCounts首先需要使用注释文件来确定基因的位置。注释文件可以是GTF、GFF或SAF格式的文件,其中包含基因的位置和其他相关信息。 2.读取比对:接下来,FeatureCounts需要输入RNA-Seq数据的比对结果文件。常见的比对工具有TopHat、STAR和HISAT等。比对结果文件通常为SAM或BAM格式。
走featureCounts定量流程 featureCounts命令的参数多种多样,可以设置基于基因的ID或者名字来进行计算表达量,或者基于外显子来。 gtf=$HOME/rna/SUPPA2/gtf/gencode.v37.annotation.gtf ls -lh $gtf # 1.4G # 针对bam文件进行qc ls *bam |while read id;do nohup qualimap rnaseq --java-mem-size=20G -gtf...
转录组定量-featureCounts 不同参数的结果比较: 1 featureCounts -p -Q 10 -s 0 -T $cpu -a $gtf-o $out_dir/${sName}.all.counts.txt $out_dir/${sName}.hg19Aligned.out.bam 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 || Threads ...
featureCounts 需要两个输入文件: 1.比对产生的BAM/ SAM文件 2.区间注释文件(GTF格式,SAF格式) 使用featureCounts对bam文件进行定量具体流程 cd $HOME/project/Human-16-Asthma-Trans/Expression/featureCounts ## 定义输入输出文件夹gtf=/home/t_rna/database/GRCh38.104/Homo_sapiens.GRCh38.104.chr.gtf.gzinputdir...
featureCounts允许在特征或meta-feature级别进行read总结。建议使用独特的基因标识符（如NCBI Entrez基因标识符）将特征聚类为meta-feature。在RNA-seq实验中，通常不计算与一个以上基因重叠的read或片段，因为任何单个片段都必须仅来源于一个靶基因，但无法确定真正靶基因的身份。然而，在ChIP-seq实验中，多重...
Feature指的是基因组中的最小单位，如外显子，而Metafeature则由多个Feature构成，如属于同一个基因的外显子集合。在定量时，支持对外显子单个Feature进行量化，也支持对Metafeature进行量化，即对整个基因进行定量。当reads匹配到两个或更多的Features时，featureCounts默认忽略这部分reads。若希望统计这部分...
使用featurecounts定量 featureCounts-T10-a~/my_genome_reference/mouse/mm10/Mus_musculus.GRCm38.99.gtf-o read.count-p-B-C-t exon-g gene_name*bam.sub 6. 使用R对readcount做简单统计 x<-read.table("../qpcr_quantity/read.count",header=T)colnames(x)all_rowsums<-x[,-c(1:6)]%>%rowSums...
featureCounts的安装 在转录组进行统计基因count数的时候,Htseq-count与featureCounts为使用最多的软件,其中htseq-count的速度较慢,而featureCounts的最大特点就是快。 下载与安装 $ wget https://jaist.dl.sourceforge.net/project/subread/subread-1.6.0/subread-1.6.0-Linux-x86_64.tar.gz $ tar zxcf subread-...