featurecounts参数 featurecounts是一种常用的基因及转录本计数工具,可以统计RNA-seq测序数据中的基因和转录本的表达量。在使用featurecounts时,需要设置一些参数以使其能够正确地执行。下面是一些常见的featurecounts参数及其含义: 1. -t <feature_type>:设置要计数的特征类型,如gene、transcript、exon等。默认为gene。 2...
其中-T参数指定使用8个线程,-p参数使FeatureCounts在扫描时不考虑次要对齐位点,-B参数要求FeatureCounts对碱基进行对齐,-C参数指定将碱基质量值保存到输出中,-t exon参数指定计算外显子信息,-g gene_id参数指定计算基因信息,-a参数指定该分析过程所采用的参考基因组注释文件,-o参数指定输出结果保存到gene_counts.txt...