featurecounts是一款使用于RNA-seq和DNA-seq的read summarization工具,应用了高效率的染色体哈希算法和feature区块技术 它比目前存在的工具速度都快,而且需要的内存空间少,同时可以用于单端和双端的数据 一、软件安装 使用conda安装 代码语言:javascript 复制 conda install featureCounts 二、输入数据 代码语言:javascript 复...
featurecounts是一款使用于RNA-seq和DNA-seq的read summarization工具,应用了高效率的染色体哈希算法和feature区块技术 它比目前存在的工具速度都快,而且需要的内存空间少,同时可以用于单端和双端的数据 一、软件安装 使用conda安装 conda install featureCounts 二、输入数据 1、输入的数据有两类,一类是SAM/BAM文件,另一...
conda install -y subread bedtoolsdeeptoolsconda install -y salmon=1.4.0 conda install -y -c bioconda suppa ### 下载参考转录组fasta序列文件然后使用hisat2构建index文件 这里我们直接使用服务器现成的hisat2的index文件 (其实就是hisat2官网下载的,无需自己构建) $ ls -lh /home/data/server/reference/...
其中r-base为4.1.3版本。需要注意这里使用的是r-argparser,别装错了。 conda install -c conda-forge r-argparser#0.7conda install -c conda-forge r-tidyverse conda install -c bioconda bioconductor-edger#用了rpkm()函数算的FPKM 脚本使用 -i, --input_path指定含有featurecounts结果的文件夹 -p, --pat...
GFF文件转化为GTF并用于featureCounts计数 有时候进行比对的物种没有GTF文件,需要转化GFF为GTF文件才能用于featureCounts计数,这时需要用到gffread这个软件,进行以下操作: conda install -y -c bioconda gffread gffread genomic.gff -T -o genomic.gtf
conda install -y salmon=1.4.0 conda install -y -c bioconda suppa 下载参考转录组fasta序列文件然后使用hisat2构建index文件 这里我们直接使用服务器现成的hisat2的index文件 (其实就是hisat2官网下载的,无需自己构建) $ ls -lh /home/data/server/reference/index/hisat/hg38/ |cut -d" "-f 5- ...
conda install -c bioconda gffread # 安装软件 gffread genome.gff3 -T -o genome.gtf # gff与gtf转化 在解决这个问题的过程中,学到的最关键的方法就是: 如果在网上搜索了个把小时,依旧没有搜到想要的答案,就可以停下来,问一问同行和前辈,这样会更高效且能打开思路!
我们嫌弃HTseq-count软件运行速度太慢,所以才想着featureCounts,所以一切都得使用https://github.com/vivekbhr/Subread_to_DEXSeq 的脚本了。 代码语言:javascript 复制 conda activate rna gtf=/home/yb77613/biosoft/Subread_to_DEXSeq/gencode.v32.annotation.gtf ...
分析流程涉及到众多的软件以及R包等,为了更方便配置该环境,建议使用anaconda软件安装。anaconda是包管理工具,可以将软件作为其包进行安装管理,并且可以设置多个环境,方便不同依赖环境的软件在同一台机器安装。安装anaconda方法见网上教程。 流程所需要软件:Use conda search software before conda install conda install -c...
我们嫌弃HTseq-count软件运行速度太慢,所以才想着featureCounts,所以一切都得使用https://github.com/vivekbhr/Subread_to_DEXSeq的脚本了。 conda activate rna gtf=/home/yb77613/biosoft/Subread_to_DEXSeq/gencode.v32.annotation.gtf#gtf=/home/yb77613/biosoft/Subread_to_DEXSeq/out_gv32.gtffeatureCounts-f...