featurecounts是一款使用于RNA-seq和DNA-seq的read summarization工具,应用了高效率的染色体哈希算法和feature区块技术 它比目前存在的工具速度都快,而且需要的内存空间少,同时可以用于单端和双端的数据 一、软件安装 使用conda安装 代码语言:javascript 复制 conda install featureCounts 二、输入数据 代码语言:javascript 复...
conda install -y subread bedtoolsdeeptoolsconda install -y salmon=1.4.0 conda install -y -c bioconda suppa ### 下载参考转录组fasta序列文件然后使用hisat2构建index文件 这里我们直接使用服务器现成的hisat2的index文件 (其实就是hisat2官网下载的,无需自己构建) $ ls -lh /home/data/server/reference/...
featurecounts是一款使用于RNA-seq和DNA-seq的read summarization工具,应用了高效率的染色体哈希算法和feature区块技术 它比目前存在的工具速度都快,而且需要的内存空间少,同时可以用于单端和双端的数据 一、软件安装 使用conda安装 conda install featureCounts 二、输入数据 1、输入的数据有两类,一类是SAM/BAM文件,另一...
其中r-base为4.1.3版本。需要注意这里使用的是r-argparser,别装错了。 conda install -c conda-forge r-argparser#0.7conda install -c conda-forge r-tidyverse conda install -c bioconda bioconductor-edger#用了rpkm()函数算的FPKM 脚本使用 -i, --input_path指定含有featurecounts结果的文件夹 -p, --pat...
conda install -y salmon=1.4.0 conda install -y -c bioconda suppa 下载参考转录组fasta序列文件然后使用hisat2构建index文件 这里我们直接使用服务器现成的hisat2的index文件 (其实就是hisat2官网下载的,无需自己构建) $ ls -lh /home/data/server/reference/index/hisat/hg38/ |cut -d" "-f 5- ...
conda install -y salmon=1.4.0conda install -y -c bioconda suppa 下载参考转录组fasta序列文件然后使用hisat2构建index文件 这里我们直接使用服务器现成的hisat2的index文件 (其实就是hisat2官网下载的,无需自己构建) $ ls -lh /home/data/server/reference/index/hisat/hg38/ |cut-d" "-f5-974M12月31...
这里以使用 Miniconda 安装 Mamba 为例: 下载并安装 Miniconda(如果尚未安装): 前往Miniconda 的官方下载页面 下载适合你系统的 Miniconda 安装程序,并按照提示进行安装。 使用Conda 安装 Mamba: 打开终端,运行以下命令: bash conda install mamba -n base -c conda-forge 这个命令会在你的基础环境中安装 Mamba。
使用conda配置环境, 安装fastp, hisat2, samtools, subread。featureCounts整合在subread中。DESeq2为R包。使用DESeq2进行差异分析前的流程都在linux环境下进行,DESeq2在R环境下运行。 分析流程 拿到数据后首先需要对数据进行质控,这里使用fastp。这篇文章介绍的比较清楚:[链接1]。
分析流程涉及到众多的软件以及R包等,为了更方便配置该环境,建议使用anaconda软件安装。anaconda是包管理工具,可以将软件作为其包进行安装管理,并且可以设置多个环境,方便不同依赖环境的软件在同一台机器安装。安装anaconda方法见网上教程。 流程所需要软件:Use conda search software before conda install conda install -c...
RNASeq实战练习-hisat2比对与featurecounts定量 hisat2 构建索引 # 进入参考基因文件所在目录 cd /home/jiamj/analysis/ref # 激活 rnaseq 分析环境 conda activate rnaseq # 提取外显子和可变剪切构建转录组比对的索引文件(内存太小构建不成功) #将 gff 文件转成 gtf...