FastTree-nt nucleotide.fasta>tree 也可以选择GTR替换模型,用法如下 代码语言:javascript 复制 FastTree-nt-gtr nucleotide.fasta>tree 默认生成的tree 文件是 Newick格式, 可以导入 figTree 或者 TreeViewer等软件中进行查看。 ·end· —如果喜欢,快分享给你的朋友们吧—...
FastTree -nt sequences.fasta > tree.nwk -nt 选项表示输入文件是核酸序列(如果是蛋白质序列,可以使用 -protein)。 sequences.fasta 是你的输入文件。 > tree.nwk 将输出重定向到一个名为 tree.nwk 的文件,该文件包含 Newick 格式的进化树。 在命令行或终端中执行 FastTree 建树命令: 打开命令行...
拿我的问题来说,总共3000多条序列,序列长度为1700nt,我用Phylip中最快的的Neighbor-joining计算花了一个小时以上,而且是在我的主机,而用我装的虚拟机(内存500M,计算能力肯定不能主机)FastTree计算,只花了不到20分钟,而且更强悍的是它还给出了每个节点的可信度(local support value),真神! 该软件相当好用,有Lin...
FastTree -nt nucleotide.fasta > tree 1. 也可以选择GTR替换模型,用法如下 FastTree -nt -gtr nucleotide.fasta > tree 1. 默认生成的tree 文件是 Newick格式, 可以导入 figTree 或者 TreeViewer等软件中进行查看。 ·end· —如果喜欢,快分享给你的朋友们吧— 扫描关注微信号,更多精彩内容等着你!
FastTree -lg protein.fasta > tree FastTree -wag protein.fasta > tree 对于核酸序列,基本用法如下 FastTree -nt nucleotide.fasta > tree 也可以选择GTR替换模型,用法如下 FastTree -nt -gtr nucleotide.fasta > tree 默认生成的tree 文件是 Newick格式, 可以导入 figTree 或者 TreeViewer等软件中进行查看。
fasttree -nt<nucleotide_alignment_file>><tree_file> 注:核酸建树默认JC+CAT模型,可以用参数-gtr -nt切换成GTR+CAT模型 2.2.2 蛋白建树 fasttree<protein_alignment_file>><tree_file> 注:蛋白建树默认JTT+CAT模型,还可以用参数-wag或者-lg切换成LG+CAT或者WAG+CAT模型 ...
-nt 最大线程数 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 8. 程序大概率会报错(Error)并输出文件:SNP.varsites.phy ASC(ascertainment bias correction)是 IQtree 处理SNP数据时需要添加的参数,可以矫正因 SNP 数据所导致的系统发育树分枝长度过长与结构错误等问题(参见附录 ASC)。
购买了我们课程请使用docker镜像分析；镜像里面安装了课程里面的软件；
Usage for FastTree version 2.1.11 SSE3: 这里有几种使用参数 FastTree protein_alignment > tree FastTree < protein_alignment > tree FastTree -out tree protein_alignment FastTree -nt nucleotide_alignment > tree 核苷酸序列建树 FastTree -nt -gtr < nucleotide_alignment > tree 核苷酸序列GTR模型建树 FastTr...
快速ML建树fast..FastTree默认为GC+CAT模型, -wag 或 -lg 设置为 WAG+CAT 或 LG+CAT,-gtr设置为GTR+CAT:FastTree -gtr -nt < alignment