如果同学们需要构建一个核酸序列的进化树，可以使用GTR模型，并将结果写入output.tree文件中。，命令如下：fasttree -nt -gtr input.fasta > output.tree 执行完上述命令后，稍作等待，我们可以通过使用ls命令来查看文件目录，确认output.tree文件已经生成。如图所示，output.tree即为生成的树文件。我们可以通过cat命令...
FastTree-nt nucleotide.fasta>tree 也可以选择GTR替换模型,用法如下 代码语言:javascript 复制 FastTree-nt-gtr nucleotide.fasta>tree 默认生成的tree 文件是 Newick格式, 可以导入 figTree 或者 TreeViewer等软件中进行查看。 ·end· —如果喜欢,快分享给你的朋友们吧—...
拿我的问题来说,总共3000多条序列,序列长度为1700nt,我用Phylip中最快的的Neighbor-joining计算花了一个小时以上,而且是在我的主机,而用我装的虚拟机(内存500M,计算能力肯定不能主机)FastTree计算,只花了不到20分钟,而且更强悍的是它还给出了每个节点的可信度(local support value),真神! 该软件相当好用,有Lin...
FastTree -nt nucleotide.fasta > tree 1. 也可以选择GTR替换模型,用法如下 FastTree -nt -gtr nucleotide.fasta > tree 1. 默认生成的tree 文件是 Newick格式, 可以导入 figTree 或者 TreeViewer等软件中进行查看。 ·end· —如果喜欢,快分享给你的朋友们吧— 扫描关注微信号,更多精彩内容等着你!
FastTree -nt sequences.fasta > tree.nwk -nt 选项表示输入文件是核酸序列(如果是蛋白质序列,可以使用 -protein)。 sequences.fasta 是你的输入文件。 > tree.nwk 将输出重定向到一个名为 tree.nwk 的文件,该文件包含 Newick 格式的进化树。 在命令行或终端中执行 FastTree 建树命令: 打开命令行...
FastTree -lg protein.fasta > tree FastTree -wag protein.fasta > tree 对于核酸序列,基本用法如下 FastTree -nt nucleotide.fasta > tree 也可以选择GTR替换模型,用法如下 FastTree -nt -gtr nucleotide.fasta > tree 默认生成的tree 文件是 Newick格式, 可以导入 figTree 或者 TreeViewer等软件中进行查看。
fasttree -nt<nucleotide_alignment_file>><tree_file> 注:核酸建树默认JC+CAT模型,可以用参数-gtr -nt切换成GTR+CAT模型 2.2.2 蛋白建树 fasttree<protein_alignment_file>><tree_file> 注:蛋白建树默认JTT+CAT模型,还可以用参数-wag或者-lg切换成LG+CAT或者WAG+CAT模型 ...
FastTree -nt nucleotide.fasta > tree AI代码助手复制代码 也可以选择GTR替换模型,用法如下 FastTree -nt -gtr nucleotide.fasta > tree AI代码助手复制代码 默认生成的tree 文件是 Newick格式, 可以导入 figTree 或者 TreeViewer等软件中进行查看。 关于“FastTree软件有什么用”这篇文章就分享到这里了,希望以上内容...
FastTree -nt -gtr < nucleotide_alignment > tree 核苷酸序列GTR模型建树 FastTree < nucleotide_alignment > tree FastTree accepts alignments in fasta or phylip interleaved formats Common options (must be before the alignment file): -quiet to suppress reporting information #不输出报告信息 ...
FastTree-gtr-nt-gammaalignment_file>tree_file笔者操作:FastTree-gtr-nt-gammaAth.direct+inverted_ID.cds.229.aln.fasta>Ath.direct+inverted_ID.cds.229.aln.fasta.tree.nwk 以下为FastTree命令终端输出结果:FastTreeVersion 2.1.11 SSE3 ###Alignment:Ath.direct+inverted_ID.cds.229.aln.fastaNucleotidedistance...