如果同学们需要构建一个核酸序列的进化树，可以使用GTR模型，并将结果写入output.tree文件中。，命令如下：fasttree -nt -gtr input.fasta > output.tree 执行完上述命令后，稍作等待，我们可以通过使用ls命令来查看文件目录，确认output.tree文件已经生成。如图所示，output.tree即为生成的树文件。我们可以通过cat命令...
FastTree-nt nucleotide.fasta>tree 也可以选择GTR替换模型,用法如下 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 FastTree-nt-gtr nucleotide.fasta>tree 默认生成的tree 文件是 Newick格式, 可以导入 figTree 或者 TreeViewer等软件中进行查看。 ·end· —如果喜欢,快分享给你的朋友们吧—...
FastTree -nt sequences.fasta > tree.nwk -nt 选项表示输入文件是核酸序列(如果是蛋白质序列,可以使用 -protein)。 sequences.fasta 是你的输入文件。 > tree.nwk 将输出重定向到一个名为 tree.nwk 的文件,该文件包含 Newick 格式的进化树。 在命令行或终端中执行 FastTree 建树命令: 打开命令行...
FastTree -nt nucleotide.fasta > tree AI代码助手复制代码 也可以选择GTR替换模型,用法如下 FastTree -nt -gtr nucleotide.fasta > tree AI代码助手复制代码 默认生成的tree 文件是 Newick格式, 可以导入 figTree 或者 TreeViewer等软件中进行查看。 关于“FastTree软件有什么用”这篇文章就分享到这里了,希望以上内容...
FastTree -nt <infile >outfile 如果是蛋白质序列,则直接输入: FastTree infile > outfile 这里需要注意的是输入文件为fasta格式的文件,而不是通常用的Phylip格式。这点需要注意。 输出文件是Newick格式,也是非常通用的进化树文件格式。 FastTree非常强悍的一点是能够在那么短的时间内给出每个节点的可信度(local support...
FastTree -nt nucleotide.fasta > tree 1. 也可以选择GTR替换模型,用法如下 AI检测代码解析 FastTree -nt -gtr nucleotide.fasta > tree 1. 默认生成的tree 文件是 Newick格式, 可以导入 figTree 或者 TreeViewer等软件中进行查看。 ·end· —如果喜欢,快分享给你的朋友们吧— ...
Usage for FastTree version 2.1.11 SSE3: 这里有几种使用参数 FastTree protein_alignment > tree FastTree < protein_alignment > tree FastTree -out tree protein_alignment FastTree -nt nucleotide_alignment > tree 核苷酸序列建树 FastTree -nt -gtr < nucleotide_alignment > tree 核苷酸序列GTR模型建树 FastTr...
7.构建核酸序列树:如果要使用核酸序列的alignment文件,使用GTR+CAT模型建树,可以直接输入FastTree -gtr -nt tree.fas > tree点击回车就可以出现一个名为“tree”的系统树文件(也可以随意命名,这里只是最为演示)。注:如果不输入-gtr的话,系统会默认使用Jukes-Cantor + CAT 模型进行替代。
构建核酸序列树:如果要使用核酸序列的alignment文件,使用GTR+CAT模型建树,可以直接输入FastTree-gtr-nttree.fas>tree点击回车就可以出现一个名为“tree”的系统树文件(也可以随意命名,这里只是最为演示)。注:如果不输入-gtr的话,系统会默认使用Jukes-Cantor+CAT 模型进行替代。构建蛋白序列树:如果是使用蛋白序列的...
-nt 最大线程数 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 8. 程序大概率会报错(Error)并输出文件:SNP.varsites.phy ASC(ascertainment bias correction)是 IQtree 处理SNP数据时需要添加的参数,可以矫正因 SNP 数据所导致的系统发育树分枝长度过长与结构错误等问题(参见附录 ASC)。