FastTree 是基于最大似然法构建进化树的软件,它最大的特点就是运行速度快,支持几百万条序列的建树任务。官方的说法是,对于大的比对数据集,FastTree 比phyml或者RAxML 快100到1000倍。官网如下 http://www.microbesonline.org/fasttree/ FastTree 支持核酸和蛋白的进化树构建,对于核酸,可选的替换模型包括以下几种 JC...
FastTree是一款超快速的建树软件,它可以从核苷酸或蛋白质序列的排列中推断出近似最大似然的系统发育树。简单来说,进化树就是用来展示生物之间的进化关系和演化历史的树状图。FastTree最大的特点就是运行速度快,比传统的PhyML 3.0或RAxML 7快100-1000倍,支持几百万条序列的建树任务,非常适合处理大规模的序列数据集。
第一步:输入多序列比对后的文件 FastTree可以读取fasta格式或交错的phylip格式的多序列比对数据。 alignment file格式如下图(这一步直接使用 TBtools 的 Muscle GUI Wrapper 和 TrimAl GUI Wrapper 即可完成) 第二步:选择一个模型 蛋白质和核苷酸都有其可供选择的建树模型,需要勾选其中之一. 对于核苷酸,支持的模型包...
目录 收起 1.FastTree下载安装 2.FastTree使用 网址:Approximately-Maximum-Likelihood Trees for Large Alignments FastTree构树基于ML最大似然法,对于核苷酸序列FastTree可以选择使用Jukes-Cantor或者GTR模型构树,氨基酸序列可以使用JTT、WAG或者LG模型。 1.FastTree下载安装...
FastTree 是基于最大似然法构建进化树的软件,它最大的特点就是运行速度快,支持几百万条序列的建树任务。官方的说法是,对于大的比对数据集,FastTree 比phyml或者RAxML 快100到1000倍。官网如下 http://www./fasttree/ FastTree 支持核酸和蛋白的进化树构建,对于核酸,可选的替换模型包括以下几种 ...
FastTree -nt <infile >outfile 如果是蛋白质序列,则直接输入: FastTree infile > outfile 这里需要注意的是输入文件为fasta格式的文件,而不是通常用的Phylip格式。这点需要注意。 输出文件是Newick格式,也是非常通用的进化树文件格式。 FastTree非常强悍的一点是能够在那么短的时间内给出每个节点的可信度(local support...
FastTree 是基于最大似然法构建进化树的软件,它最大的特点就是运行速度快,支持几百万条序列的建树任务。官方的说法是,对于大的比对数据集,FastTree 比phyml或者RAxML 快100到1000倍。官网如下 http://www.microbesonline.org/fasttree/
模型进行替代。构建蛋白序列树:如果是使用蛋白序列的alignment文件建树,并使用JTT+CAT模型,可以直接输入FastTreetree.fas>tree(注:这里的tree.fas是你经过alignment后保存的序列文件,你可以随意命名;tree是你输出的树的文件,也可以随意命名。当然命令行中还可以添加“-wag”是WAG+CAT模型的意思;添加“-lg”是 ...
# 使用--auto为程序自动选择比对策略,默认比对结果格式为fasta格式。 如果输出clustal格式即.aln的比对文件,用下面的命令 mafft --clustalout input.fasta > input.out Step 2,接下来基于序列比对文件使用FastTree构建ML系统发育树。(FastTree官网:http://www.microbesonline.org/fasttree/#Install) ...
Microsoft.ML.Trainers.FastTree BoostedTreeOptions BoostedTreeOptions.OptimizationAlgorithmType BoostingFastTreeTrainerBase<TOptions,TTransformer,TModel> Bundle ConsecutiveGeneralityLossRule EarlyStoppingMetric EarlyStoppingRankingMetric EarlyStoppingRule EarlyStoppingRuleBase ...