FastTree 是一种用于大规模多序列比对构建进化树的软件,通常用于生物信息学中的系统发育分析。以下是如何使用 FastTree 建树的详细步骤: 确保FastTree 已正确安装并可执行: 你可以通过命令行或终端输入 FastTree 来检查是否已安装,如果系统返回 FastTree 的使用说明,则说明已正确安装。 准备用于建树的数据集: 数据集...
IQtree 是一款用于构建系统发育树的软件,支持 Phylip、Fasta、Nexus、Clustalw 等多序列比对后的数据格式。但随着 SNP 数据费用的大幅下降,研究人员利用 SNP 数据构建系统发育树的情况越大越多。本文为用 vcf 格式的 SNP 数据构建系统发育树的教程,主要包括:Vcf 文件转 Phylip 文件、Phylip 文件输入 IQtree 建树 ...
1.下载FastTree,将其放在电脑D盘,新建文件夹,命名为“FastTree”。 2.由于该软件读取的是经过 alignment处理后的序列文件(fasta格式或phylip格式),所以提前准备好建树所需的序列文件,即,将序列文件在mega软件中进行alignment,然后保存成fasta格式,命名为tree.fas(也可随意命名),以备后续建树使用。
016-1 视频附带资料说明-软件数据参考文献等 016-2 数据格式和序列比对说明 016-3 Fasttree核酸数据建树教程 016-4 Fasttree蛋白质数据建树教程 016-5 树图查看编辑与导出
FastTree 运行(Windows 为例) 开始菜单—搜索—cmd 切换目录到 D:FastTree 最大似然树构建:FastTree protein alignment file > tree 在目录 D:FastTree 生成.tree 文件,可以使用 TreeView 或 MEGA 打开。 构建进化树时,可以选择不同的模型: 命令行:D:Fast...
016-2 数据格式和序列比对说明。在开始建树之前，确保数据格式正确无误至关重要。序列数据通常以FASTA格式提供，需要使用合适的工具进行比对，以消除可能的错误和冗余信息，确保建树质量。016-3 Fasttree核酸数据建树教程。对于核酸数据，Fasttree提供了快速构建进化树的解决方案。具体操作涉及导入数据集，选择...
FastTree 是基于最大似然法构建进化树的软件,它最大的特点就是运行速度快,支持几百万条序列的建树任务。但是fasttree不支持bootstrap检验以及支持的替换模型有限。 官网如下:http://www.microbesonline.org/fasttree/ 替换模型选择: FastTree 支持核酸和蛋白的进化树构建,对于核酸,可选的替换模型包括以下几种:JC(Jukes...
4、fasttree单线程命令 Fasttree -gamma -lg gtdbtk.bac120.user_msa.fasta > tested_tree.fa 多线程fasttree命令 这个软件里面并没有指定线程的参数,在MacOS/Linux里面软件提供了一个FastTreeMP的命令,它能够自动检测电脑最大的线程数 FastTreeMP -gamma -lg gtdbtk.bac120.user_msa.fasta > tested_tree.fa ...
多线程fasttree命令这个软件里面并没有指定线程的参数,在MacOS/Linux里面软件提供了一个 FastTreeMP 的命令,它能够自动检测电脑最大的线程数FastTreeMP -gamma -lg gtdbtk.bac120.user_msa.fasta > tested_tree.fa 更多探索会慢慢修改此篇文章,有兴趣的话,关注留意一下。你们的点赞查阅是我分享的动力 参考 GTDBTk...
快速ML建树fast..FastTree默认为GC+CAT模型, -wag 或 -lg 设置为 WAG+CAT 或 LG+CAT,-gtr设置为GTR+CAT:FastTree -gtr -nt < alignment