conda activate fasttree 接着，我们使用conda的install命令来安装FastTree：conda install fasttree 这样，FastTree就被成功安装在我们创建的虚拟环境中，我们可以开始探索和使用这款强大的进化树构建工具了。在安装过程中，如果遇到任何提示，只需输入y以继续。等待安装完成后，我们可以尝试运行以下命令来测试FastTree是否已成...
FastTree 是基于最大似然法构建进化树的软件,它最大的特点就是运行速度快,支持几百万条序列的建树任务。官方的说法是,对于大的比对数据集,FastTree 比phyml或者RAxML 快100到1000倍。官网如下 http://www.microbesonline.org/fasttree/ FastTree 支持核酸和蛋白的进化树构建,对于核酸,可选的替换模型包括以下几种 JC...
我们前面的文章介绍了,生物信息学的终极问题是研究生物进化。因为进化是生命永恒的主题,生命中太多问题都跟进化有关,诸如生、老、病、死,无不蕴含着进化的力量。 系统进化树作为直观展示进化进程的工具,在生命科学研究中有重要作用。而构建系统进化树的工具有很多,我们昨天介绍了1分钟构建完美的系统进化树。 但是随着...
conda install-c bioconda raxml-ng 3.2 使用 第一步:检查比对后的序列MSA是否可以读取(MSA可以使用FASTA、PHYLIP格式) raxml-ng --check --msa prim.phy --model GTR --prefix T1 注:这一步骤还会给出哪些序列是相同序列(推荐执行) 第二步:构建核苷酸树(模型GTR,1000次自检值抽样) raxml-ng --all --msa...
conda activate xgene conda install mafft trimal fasttree Downloading and Extracting Packages mafft-7.487 | 3.0 MB | ### | 100% trimal-1.4.1 | 189 KB | ### | 100% Preparing transaction: done Verifying transaction: done Executing transaction: done 1 准备输入文件 2 mafft...