安装FastTree: 如果FastTree可用,你可以使用以下命令来安装它。 bash conda install fasttree 验证安装: 安装完成后,你可以通过运行FastTree命令来验证它是否已成功安装。 bash FastTree --version 如果上述步骤中的某个环节遇到问题,比如搜索不到FastTree,可能是因为该软件包尚未被添加到bioconda频道,或者你需要使用其他...
1.FastTree下载安装 wget http://www.microbesonline.org/fasttree/FastTree wget http://www.microbesonline.org/fasttree/FastTreeDbl wget http://www.microbesonline.org/fasttree/FastTreeMP chmod -R 777 . FastTreeDbl可以解析分支长度小于0.0005 FastTreeMP使用OpenMP将计算树的许多步骤并行化2...
FastTree，一种基于最大似然法构建分子树的软件，提供Linux版下载与安装教程。对于核苷酸序列，FastTree支持Jukes-Cantor或GTR模型；氨基酸序列则可选择JTT、WAG或LG模型。FastTreeDbl专为处理分支长度小于0.0005的情况而设计；FastTreeMP通过OpenMP将计算树的步骤并行化，提高效率。使用FastTree的方法简便快捷。首...
该值的范围在0~1之间,与一般用的bootstrap值高度相关。 2.1 安装 conda install fasttree 2.2 使用 2.2.1 核酸建树 fasttree -nt<nucleotide_alignment_file>><tree_file> 注:核酸建树默认JC+CAT模型,可以用参数-gtr -nt切换成GTR+CAT模型 2.2.2 蛋白建树 fasttree<protein_alignment_file>><tree_file> 注:...