目录 收起 1.FastTree下载安装 2.FastTree使用 网址:Approximately-Maximum-Likelihood Trees for Large Alignments FastTree构树基于ML最大似然法,对于核苷酸序列FastTree可以选择使用Jukes-Cantor或者GTR模型构树,氨基酸序列可以使用JTT、WAG或者LG模型。 1.FastTree下载安装...
FastTree，一种基于最大似然法构建分子树的软件，提供Linux版下载与安装教程。对于核苷酸序列，FastTree支持Jukes-Cantor或GTR模型；氨基酸序列则可选择JTT、WAG或LG模型。FastTreeDbl专为处理分支长度小于0.0005的情况而设计；FastTreeMP通过OpenMP将计算树的步骤并行化，提高效率。使用FastTree的方法简便快捷。首...
该值的范围在0~1之间,与一般用的bootstrap值高度相关。 2.1 安装 conda install fasttree 2.2 使用 2.2.1 核酸建树 fasttree -nt<nucleotide_alignment_file>><tree_file> 注:核酸建树默认JC+CAT模型,可以用参数-gtr -nt切换成GTR+CAT模型 2.2.2 蛋白建树 fasttree<protein_alignment_file>><tree_file> 注:...