FastQC是一款基于Java的软件,它可以快速地对测序数据进行质量评估,其官网为:http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/ 主要参数: -o --outdir FastQC生成的报告文件的储存路径,生成的报告的文件名是根据输入来定的 -t --threads 选择程序运行的线程数, -q --quiet 安静运行模式,一般不选这个...
ls rawdata/*fq | while read id; do nohup fastqc -o fastqc -q -t 2 $id & done #上面的while循环是很常用的一种文档批处理方法,注意变量的运算使用的是通配符而非正则表达式。对引用标准输入还可使用xargs函数: ls rawdata/*fq | xargs -n 1 -P 5 fastqc -o fastqc -q -t 10 #有时候一个...
首先，fastqc只是一个第三方的测序报告软件，甚至也只是选择之一，它的勾叉只是它的一种提示，不能当成...
测序数据的解析:Fastq与FastQCmp.weixin.qq.com/s/McRF-TzoN8tGU_G3VHqKdQ Fastq格式 二代测序平台获得的原始数据为fastq(或为压缩文件fq.gz)格式,包含双末端测序所得的正向和反向两个文件(通常用“1”和“2”来区分),如下所示: 每一个read包含四行内容,其中第一行以@开头,后面是reads的属性信息,也...
式中,Q为质量值,P为误差概率,Phred quality score为20表示测序错误概率为1/100(即99%的准确率); 常常用Q20来过滤,Q20代表测序的reads 测序准确的概率为99%; 如果再次检查fastq文件,您将看到该信息不是以数字格式显示的,而是以一组字符编码的。 在过滤步骤 filter fastq 中,我们将使用读取这些 ASCII 字符并将...
为了评估测序质量，FastQC是一个常用的工具，其网址为：bioinformatics.babraham.ac.uk...。使用时，可以设置输出路径、运行模式和使用的CPU核心数。通过命令行参数运行fastqc，如fastqc -o 输出路径 -q -t 核数 fastqfile（可以是压缩文件）。FastQC的html报告会显示绿色的"PASS"（通过）、黄色的"WARN...
横轴为read长度,纵轴为质量得分,Q = -10*log10(error P)。 柱状表示该位置所有序列的测序质量的统计,柱状是25%~75%区间质量分布,error bar是10%~90%区间质量分布,蓝线表示平均数。一般要求所有位置的10%分位数大于20,即大于最多允许该位置10%的序列低于Q
Y轴是测序的质量Q=Phred=-log10(error rate),所以Q=20时,错误率为0.01,就是99%的正确率(两个9,Q20)。Q=30, 错误率就是0.001, 就是99.9%的正确率(三个9,Q30),通常测序合同对Q20,Q30有指标要求。红色表示中位数,黄色是25%-75%区间,触须是10%-90%区间,蓝线是平均数。平均每个碱基的测序质量box...
fastqcr R包可以整理并分析多样不的zip格式的结果报告,当然也可以直接做fastQC分析。 一 加载安装R包 install.packages("fastqcr") library(fastqcr) 二R跑FastQC程序 fastqc(fq.dir = "~/Documents/FASTQ", # FASTQ files directory qc.dir = "~/Documents/FASTQC", # Results direcory threads = 4 # Numb...
新手,刚做完一个ChIP-Seq项目的分析,来记录一下,胶发谁会分好几篇。 首先是下机数据fastqc之后会生成一个html格式的报告,根据报告可以看出自己数据的特点,便于之后clea孙针n的参数设置。以下是fastqc(v0.11.5)报告的内容说明(以自己的数据为例,经公司粗过滤后的下机数据)有网上搜索到的也有自己的体会: 基360问...