高通量测序数据的高级质控工具 输入FastQ,SAM,BAM文件,输出对测序数据评估的网页报告 安装 conda install fastqc 这里需要安装Conda (这是一款用于安装多数生物信息分析软件的管理软件,重要的是可以解决软件依赖问题) : Conda 安装使用图文详解 使用 fastqc -t 12 -o out_path sample1_1.fq sample1_2.fq -o -...
FastQC为了提高效率,通常只分析样本中的前200,000条reads来估计整个数据集的重复情况。对于长度超过75bp的reads,FastQC可能仅比较其中的50bp,以加快比较速度并减少由于reads末端质量下降导致的误差。此外,对于出现10次及以上的重复reads,FastQC会将其进行合并统计,以简化数据展示并突出重要的重复模式。 在FastQC的质量控制...
-c--contaminants,污染物选项,输入的是一个文件,格式是Name[Tab]Sequence,里面是可能的污染序列,如果有这个选项,FastQC会在计算时候评估污染的情况,并在统计的时候进行分析,一般用不到。 FastQC读取一组序列文件,并从每个文件生成质量控制报告,该报告由许多不同的模块组成,每个模块将帮助识别数据中可能存在的不同类型...
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双端测序的fastqc质控是在测序数据处理的初步步骤中,用于评估测序数据的质量和可靠性。本文将介绍双端测序的fastqc质控代码的具体内容和使用方法。 一、安装fastqc软件 在进行双端测序的fastqc质控之前,首先需要安装相关的软件。fastqc是一款开源软件,可以在其官方网站上免费下载。安装完成后,可以在命令行中直接调用fastqc...
FastQC可以对测序数据进行质控来评估测序质量的好坏。 本期将演示如何使用FastQC对二代测序数据进行质控以及对质控报告进行全方位的解读。 FastQC官网 代码语言:javascript 复制 http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc FastQC软件安装 代码语言:javascript ...
一、质控 前面我们从GEO下好了SRA数据并转换为fastq文件,现在需要对fastq文件进行质控,这里用的软件为fastqc。首先建好文件夹用来存放数据 fastqc 这步...
软件内置了四种常用的测序接头序列, fastqc 有一个参数-a可以自定义接头序列 此图中使用的illumina universal adapter并未去除,后期再使用cutadapt去接头 (还有一类这里没体现)Kmer content: 重复短序列 image 表示:在序列中某些特征的短序列重复出现的次数
FastQC是一个免费使用的质量控制工具，专门用于高通量测序数据的快速、准确评估。适用于RNA-seq数据质量控制。本文将使用拟南芥转录组数据为例，详细说明FastQC在RNA-seq数据质控的应用。安装FastQC：首先，创建并激活FastQC环境：conda create –name fastqc conda activate fastqc 然后，使用生物统计学软件包...
通常我们下机得到的数据是raw reads,但是公司通常会质控一份给我们,所以到很多人手上就是clean data了。我们再次使用fastqc来进行测序数据质量查看以及结果分析。 fastqc的操作: 1. FastQC使用 fastqc -f [bam | sam | fastq] -o [output] [filename1 filename2] ...