运行完FastQC以后,输出目录下会产生一个fastqc.html文件,我们可以打开该文件来评估测序数据的质量。 FastQC产生的结果文件中主要包含以下几个指标: 其中绿色代表通过质控(质量高),橙色代表警告(质量一般,数据还可以用),红色代表未通过质控(质量差,需要确定一下该指标未通过的原因)。 指标1:基本统计信息 表格展示了我们...
conda activate fastqc # 创建FastQC处理输出文件储存路径 mkdir /mnt/d/meta/rawdata/fastp/fastqc # FastQC评估fastp程序质控输出文件,用时42秒 time fastqc /mnt/d/meta/rawdata/fastp/*.fastq -o /mnt/d/meta/rawdata/fastp/fastqc -t 12 # 查看质量评估文件 ls /mnt/d/meta/rawdata/fastp/fastqc/ (...
质控只需要一行命令就搞定,注意,星号前面有一个空格,前面是定义的输出路径,后面是分析的文件名称。 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 fastqc-o/root/HGJ_RNAseq/*.fq.gz 然后就开始一个文件一个文件处理,时间长短和文件大小、个数以及计算机配制有关,我这里的数据30分钟左右。 处理结束后,查看...
3.使用FastQC软件对fastq文件进行质控 3.1FastQC的基本命令 你可以通过软件包的方式安装FastQC到本地,当然最简单的方法是使用conda进行安装: conda install -c bioconda fastqc。安装成功后(如果是本地安装,还需要添加环境变量),可以在命令行输入fastqc -h查看FastQC的帮助文档。再然后,就可以对自己的测序数据进行质控,...
双端测序的fastqc质控是在测序数据处理的初步步骤中,用于评估测序数据的质量和可靠性。本文将介绍双端测序的fastqc质控代码的具体内容和使用方法。 一、安装fastqc软件 在进行双端测序的fastqc质控之前,首先需要安装相关的软件。fastqc是一款开源软件,可以在其官方网站上免费下载。安装完成后,可以在命令行中直接调用fastqc...
生信入门第七课:使用FastQC软件进行测序原始fastq数据质控 微生信课堂 2024年11月13日 11:32 收录于文集 生信培训 · 11篇 微生信助力高分文章,用户220000+,谷歌学术4500+ 分享至 投诉或建议 目录 2 0 0 0 0
fastqc质控 # 基本格式 # fastqc[-o output dir][--(no)extract][-f fastq|bam|sam][-c contaminant file]seqfile1..seqfileN 主要是包括前面的各种选项和最后面的可以加入N个文件 -o --outdir FastQC生成的报告文件的储存路径,生成的报告的文件名是根据输入来定的...
本文将介绍双端测序数据的FastQC质控代码。 1.导入双端测序数据 在FastQC中,我们需要将双端测序数据导入到软件中进行分析。我们可以通过以下代码将双端测序数据导入: fastqc -f fastq -noextract -t 8 -o output_dir read1.fastq.gz read2.fastq.gz 其中,-f fastq表示输入文件格式为fastq;-noextract表示不...
加载中... 00:00/00:00 生信入门第七课:使用FastQC软件进行测序原始fastq数据质控 微生信发布于:上海市2024.10.29 13:57 +1 首赞 软件开发者亲自授课:使用FastQC进行测序下机数据质控。
通常我们下机得到的数据是raw reads,但是公司通常会质控一份给我们,所以到很多人手上就是clean data了。我们再次使用fastqc来进行测序数据质量查看以及结果分析。 fastqc的操作: 1. FastQC使用 fastqc -f [bam | sam | fastq] -o [output] [filename1 filename2] ...