Q20表示每100个碱基中可能有1个被错误识别,即碱基正确识别率为99%。当Phred值为20时,错误率是1/100,对应的Q-score为20。 Q30表示每1000个碱基中可能有1个被错误识别,即碱基正确识别率为99.9%。当Phred值为30时,错误率是1/1000,对应的Q-score为30。 当测序数据中Q30值超过90%,即表示有超过90%的碱基质量...
Q20表示每100个碱基中可能有1个被错误识别,即碱基正确识别率为99%。当Phred值为20时,错误率是1/100,对应的Q-score为20。 Q30表示每1000个碱基中可能有1个被错误识别,即碱基正确识别率为99.9%。当Phred值为30时,错误率是1/1000,对应的Q-score为30。 当测序数据中Q30值超过90%,即表示有超过90%的碱基质量...
其中P是错误概率,Q是质量得分。 例如,Q30表示有99.9%的信心该位置上的碱基被正确测序,对应的错误概率是0.1%。 通过生成一个箱线图来展示每个位置上的质量得分分布。箱线图中的箱体表示了中间50%的数据范围(即第一四分位数到第三四分位数),中间的线表示中位数,而从箱体伸出的“胡须”则表示分布的范围,不包括...
碱基质量值越高表明碱基识别越可靠,准确度越高。 Q20与Q30的含义: 【1】Q20为每100个碱基中会有一个识别错,即正确识别率为2个9,99%,当Phred = 20 时,碱基识别出错率为1/100,碱基识别正确率为99%,Q-score = -10 ✖ lg 10-2=20 【2】Q30为每1000个碱基中会有一个识别错,正确识别率为3个9,99....
可以看到正常的结果碱基质量全在Q30以上,而质量低的结果包含大量G30以下的序列,且质量随着读长增加而下降。 2.png 3.png 而三代测序,例如PacBio的测序质量通常很低: 4.png 2、Per tile sequence quality 每个tile测序情况,横轴表示碱基位置,纵轴表示tile的index编号,这个图主要是为了防止在测序过程中某些tile受到...
Per Base Sequence Quality模块关键在于评估每个碱基位置上所有序列的质量得分分布。这帮助识别整体测序批次的质量，尤其关注可能的系统性问题。Phred算法计算质量得分，Q值越高，代表正确识别概率越高。例如，Q30意味着99.9%的准确度，对应0.1%的错误概率。箱线图展示每个位置的质量得分分布，直观显示测序质量...
Q = -10*log10(error P) P为测错的概率,Q20表示1%的错误率,Q30表示0.1%的错误率。 3.Per sequence quality scores:序列的测序质量 用来查看碱基质量是否存在普遍过低的情况。横轴为序列平均碱基质量值,纵坐标为序列的数量。绝大部分碱基序列的平均质量值的峰值大于30,可判断序列质量较好,在质量较低的坐标位置...
Q = -10*log10(error P) P为测错的概率,Q20表示1%的错误率,Q30表示0.1%的错误率。 3.Per sequence quality scores:序列的测序质量 用来查看碱基质量是否存在普遍过低的情况。 横轴为序列平均碱基质量值,纵坐标为序列的数量。 绝大部分碱基序列的平均质量值的峰值大于30,可判断序列质量较好,在质量较低的坐标位...
Q=30, 错误率就是0.001, 就是99.9%的正确率(三个9,Q30),通常测序合同对Q20,Q30有指标要求。红色表示中位数,黄色是25%-75%区间,触须是10%-90%区间,蓝线是平均数。平均每个碱基的测序质量boxplot下四分位线在30分以上,则认为测序质量非常好;一般情况下,reads首尾质量较差。若任一位置的下四分位数低于10...
碱基平均质量越高的reads数越多,说明测序质量越好。在上图中,峰值出现在31处,说明大部分的reads平均质量都在Q30以上,测序质量良好。 当峰值对应的碱基质量小于27时,会给出警告信息,小于20时,会给出错误信息。 4. per base sequence content 这部分内容给出序列的碱基组成,示意图如下,横坐标为序列长度,纵坐标为各...