当fastqc分析时没有选择参数-a adapter list时,默认使用图例中的4种通用adapter序列进行统计。若有adapter残留,后续必须去接头。 以上就是一个完整的fastqC结果报告的简单说明,更多信息可参考:http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/Help/ 结果解读部分来自文章:https://blog.csdn.net/gateswell/...
FastQC中的“Per Base Sequence Quality”模块是用来评估测序质量的一个关键特性,它提供了每个碱基位置上所有序列的质量得分的分布情况。这个分析对于了解整个测序批次中各个位置的平均测序质量至关重要,因为它可以帮助识别测序过程中可能出现的系统性质量问题。 测序质量得分是通过Phred算法计算的,通常表示为一个Q值,Q值与...
fastq文件在经过fastqc文件质检后,一般都会生成一个网页版的文件,我们可以根据文件来分析我们的测序结果的好坏,前提是我们能够读懂这个文件中显示的内容,接下来我们主要解读一下每一张图所代表的信息。 1 首先我们看一下左边的summary:绿色代表PASS;黄色代表WARN;红色代表FAIL。当出现黄色时说明需要查看结果。 2Basic St...
如果某k个bp的短序列在reads中大量出现,其频率高于统计期望的话(出现频率总体上3倍于期望或是在某位置上5倍于期望的k-mer),fastqc将其记为over-represented k-mer,通常可以在overrepresented sequences图中找到,并查看它的来源。 如果任何k-mer的p值<0.01时报“WARN”;p值<10-5时报“FAIL”。
本期解读转录组上游分析中MultiQC对质控软件FastQC处理后的结果。 FastQC是一款能够对高通量测序数据进行质量评估的软件,对每一个样本生成一个报告。 https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/ 我们通常使用FastQC对raw_data和clean_data做质控,拿到的结果大致相同,我们这里以clean_data为栗子。
fastqc [-o output dir] [--(no)extract] [-f fastq|bam|sam] [-c contaminant file] seqfile1 .. seqfileN -o用来指定输出文件的所在目录,注意是不能自动新建目录的。输出的结果是.zip文件,默认自动解压缩,命令里加上--noextract则不解压缩。-f用来强制指定输入文件格式,默认会自动检测。-c用来指定一...
fastQC 质控结果解读 参考网址:https://zhuanlan.zhihu.com/p/20731723 分类:生物信息 遗世独立的愚公 粉丝-17关注 -2 +加关注 0 0 升级成为会员
FastQC结果解读 查看原文 fastqc_report解释 target.fq_fastqc.zip。解压后,查看html格式的结果报告。结果分为如下几项:结果分为绿色的"PASS";,黄色的"WARN";和红色的...当二代测序的原始数据拿到手之后,第一步要做的就是看一看原始reads的质量。常用的工具就是fastqc(http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk...
FASTQC结果解读 为保证下游分析输入数据的可靠性,需要对下机的原始测序数据进行质控。通常我们会使用FASTQC软件对测序数据进行质控。fastqC会生成一个html的结果报告,下面是软件对质控结果进行判断:绿色代表PASS;黄色代表WARN;红色代表FAIL(当出现黄色时说明需要查看结果)。