01、写在前面 fastqc由Babraham Bioinformatics团队出品(该团队的一些官方教程: https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/training.html ),简单来说fastqc就是用来生成高通量测序原始数据可交互式质控报告的工具,而对建库方式、文库来源其实无特异性要求(Genomic Sequencing, ChIP-Seq, RNA-Seq, BS-Seq均可)。其...
FastQC中的“Per Base Sequence Quality”模块是用来评估测序质量的一个关键特性,它提供了每个碱基位置上所有序列的质量得分的分布情况。这个分析对于了解整个测序批次中各个位置的平均测序质量至关重要,因为它可以帮助识别测序过程中可能出现的系统性质量问题。 测序质量得分是通过Phred算法计算的,通常表示为一个Q值,Q值与...
当fastqc分析时没有选择参数-a adapter list时,默认使用图例中的4种通用adapter序列进行统计。若有adapter残留,后续必须去接头。 以上就是一个完整的fastqC结果报告的简单说明,更多信息可参考:http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/Help/ 结果解读部分来自文章:https://blog.csdn.net/gateswell/...
一般来说,重复序列通常来源于PCR技术重复和自然生物重复。FastQC程序无法区分两种重复类型,此处统一报告为...
fastq文件在经过fastqc文件质检后,一般都会生成一个网页版的文件,我们可以根据文件来分析我们的测序结果的好坏,前提是我们能够读懂这个文件中显示的内容,接下来我们主要解读一下每一张图所代表的信息。 1 首先我们看一下左边的summary:绿色代表PASS;黄色代表WARN;红色代表FAIL。当出现黄色时说明需要查看结果。
本期解读转录组上游分析中MultiQC对质控软件FastQC处理后的结果。 FastQC是一款能够对高通量测序数据进行质量评估的软件,对每一个样本生成一个报告。 https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/ 我们通常使用FastQC对raw_data和clean_data做质控,拿到的结果大致相同,我们这里以clean_data为栗子。
fastqc [-o output dir] [--(no)extract] [-f fastq|bam|sam] [-c contaminant file] seqfile1 .. seqfileN -o用来指定输出文件的所在目录,注意是不能自动新建目录的。输出的结果是.zip文件,默认自动解压缩,命令里加上--noextract则不解压缩。-f用来强制指定输入文件格式,默认会自动检测。-c用来指定一...
Per Tile Sequence Quality模块通过热图展示每个测序区域(tile)的平均质量得分,颜色深浅反映质量高低。此分析便于识别测序流程中的局部问题,为研究者提供可视化反馈。若发现质量异常,需进一步调查并采取措施,以保证数据准确性。Per Sequence Quality Scores模块专注于整条序列的平均质量得分,提供整体质量评估...
fastQC 质控结果解读 参考网址:https://zhuanlan.zhihu.com/p/20731723 分类:生物信息 遗世独立的愚公 粉丝-17关注 -2 +加关注 0 0 升级成为会员