写在前面fastqc由Babraham Bioinformatics团队出品(该团队的一些官方教程: https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/training.html),简单来说fastqc就是用来生成高通量测序原始数据可交互式质控报告的工具,…
一般来说，重复序列通常来源于PCR技术重复和自然生物重复。FastQC程序无法区分两种重复类型，此处统一报告为...
FastQC是一款能够对高通量测序数据进行质量评估的软件,对每一个样本生成一个报告。 https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/ 我们通常使用FastQC对raw_data和clean_data做质控,拿到的结果大致相同,我们这里以clean_data为栗子。 除了我们经常使用的用浏览器打开fastqc报告,它同样具有针对不同系统的...
当fastqc分析时没有选择参数-a adapter list时,默认使用图例中的4种通用adapter序列进行统计。若有adapter残留,后续必须去接头。 以上就是一个完整的fastqC结果报告的简单说明,更多信息可参考:http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/Help/ 结果解读部分来自文章:https://blog.csdn.net/gateswell/...
fastQC 质控结果解读 参考网址:https://zhuanlan.zhihu.com/p/20731723 分类:生物信息 遗世独立的愚公 粉丝-17关注 -2 +加关注 0 0 升级成为会员
FASTQC结果解读 为保证下游分析输入数据的可靠性,需要对下机的原始测序数据进行质控。通常我们会使用FASTQC软件对测序数据进行质控。fastqC会生成一个html的结果报告,下面是软件对质控结果进行判断:绿色代表PASS;黄色代表WARN;红色代表FAIL(当出现黄色时说明需要查看结果)。
fastqc [-o output dir] [--(no)extract] [-f fastq|bam|sam] [-c contaminant file] seqfile1 .. seqfileN -o用来指定输出文件的所在目录,注意是不能自动新建目录的。输出的结果是.zip文件,默认自动解压缩,命令里加上--noextract则不解压缩。-f用来强制指定输入文件格式,默认会自动检测。-c用来指定一...
FastQC结果解读 查看原文 fastqc_report解释 target.fq_fastqc.zip。解压后,查看html格式的结果报告。结果分为如下几项:结果分为绿色的"PASS";,黄色的"WARN";和红色的...当二代测序的原始数据拿到手之后,第一步要做的就是看一看原始reads的质量。常用的工具就是fastqc(http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk...
fastqc由Babraham Bioinformatics团队出品(该团队的一些官方教程: https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/training.html ),简单来说fastqc就是用来生成高通量测序原始数据可交互式质控报告的工具,而对建库方式、文库来源其实无特异性要求(Genomic Sequencing, ChIP-Seq, RNA-Seq, BS-Seq均可)。其在Windows、Macos...