FastQC是一款基于Java语言设计的软件,目前可以直接下载免费使用,一般在Linux环境下使用命令行执行程序,它可以快速地多线程地对测序数据进行质量控制(Quality Control),还能进行质量可视化来查看质控效果。运行一段时间以后,会出现报告。使用浏览器打开后缀是html的文件,这就是图表化的fastqc报告。 FastQC官网:https://www....
fastqc [-o outputdir] [--(no)extract] [-f fastq|bam|sam] [-c contaminant file] seqfile1 .. seqfileN 三、使用 fastqc -o -t 16 <in.R1.fq.gz> <in.R2.fq.gz> 四、参数 -o --outdir FastQC生成的报告文件的储存路径,生成的报告的文件名是根据输入来定的 -f --format 指定输入文件...
打开命令提示符：按下Win + R键，输入cmd并按 Enter 键打开命令提示符。导航到 FastQC安装目录：使用c...
默认的序列是Illumina的接头序列,可以在FastQC/Configuration/adapter_list.txt文件中获取。 2、使用示例 $ fastqc -o ./ -t 1 Sample.R1.fastq.gz $ ls Sample.R1.fastq.gz Sample.R1.fastqc.zip Sample.R1.fastqc.html 下载html到本地可以用浏览器打开即可看到质控分析结果。 如果在流程中可以从Sample....
运行完FastQC以后,输出目录下会产生一个fastqc.html文件,我们可以打开该文件来评估测序数据的质量。 FastQC产生的结果文件中主要包含以下几个指标: 其中绿色代表通过质控(质量高),橙色代表警告(质量一般,数据还可以用),红色代表未通过质控(质量差,需要确定一下该指标未通过的原因)。
cd /data/software/FastQC chmod +x fastqc #由于fastqc是主程序,修改fastqc的使用权限 ln -s /data/software/FastQC/fastqc /usr/local/bin/fastqc 3.运行: fastqc -h #查看参数 #FastQC参数说明 # fastqc [-o output dir] [--(no)extract] [-f fastq|bam|sam] [-c contaminant file] seqfile1 .....
加载中... 00:00/00:00 生信入门第七课:使用FastQC软件进行测序原始fastq数据质控 微生信发布于:上海市2024.10.29 13:57 +1 首赞 软件开发者亲自授课:使用FastQC进行测序下机数据质控。
生信入门第七课:使用FastQC软件进行测序原始fastq数据质控 微生信课堂 2024年11月13日 11:32 收录于文集 生信培训 · 11篇 微生信助力高分文章,用户220000+,谷歌学术4500+ 分享至 投诉或建议 目录 2 0 0 0 0
FASTQC和fastqcr工具的使用说明说明书 Package‘fastqcr’February18,2023 Type Package Title Quality Control of Sequencing Data Version0.1.3 Date2023-02-18 Description'FASTQC'is the most widely used tool for evaluating the quality of high throughput se-quencing data.It produces,for each sample,an ...