# wget下载FastQC程序包“fastqc_v0.12.1.zip”,与Windows系统下使用的FastQC程序包一致 wget https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.12.1.zip # 解压FastQC程序包“fastqc_v0.12.1.zip”,输出FastQC文件夹 unzip fastqc_v0.12.1.zip # cd进入FastQC文件夹 cd FastQC # 查看Fas...
FastQC官网:bioinformatics.babraham.ac.uk FastQC的下载地址: bioinformatics.babraham.ac.uk,根据链接下载并按照指示安装。软件信息和使用信息可以查看“README”,安装信息查看“Installation and setup instructions”。 FastQC支持的格式 (1) FastQ (all quality encoding variants) (2) Casava FastQ files* (3) Col...
mkdir ~/Biosofts/fastqc #创建文件夹 unzip /disk1/shares/fastqc_v0.11.7.zip -d ~/Biosofts/ #解压 解压 chmod +x ~/Biosofts/FastQC/fastqc #chmod +x就是赋予用户文件的执行权限 ~/Biosofts/FastQC/fastqc -h #查看 查看 echo 'export PATH=~/Biosofts/FastQC:$PATH'>>~/.bashrc #加入环境变量...
2. 下载FastQC的安装文件。你可以在FastQC的官方网站(http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/)上找到适用于Linux系统的安装文件。 在终端上,使用wget命令下载安装文件。例如,下载FastQC v0.11.9的安装文件(根据具体版本号进行修改): “`bash wgethttps://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/proj...
Fastqc安装中可能遇到的问题 一、安装JAVA环境 这一步个人并非按照xiaoming老师的步骤所做,而是直接输入sudo apt-get install default-jre完成,因为并不确定该方法是否会造成某些问题,大家姑且当做优先级较低的那一个吧 二、FastQC的安装 step 1:下载安装包 输入wget http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/...
$ fastqc-o./-t1Sample.R1.fastq.gz $lsSample.R1.fastq.gz Sample.R1.fastqc.zip Sample.R1.fastqc.html 下载html到本地可以用浏览器打开即可看到质控分析结果。 如果在流程中可以从Sample.R1.fastqc/fastqc_data.txt文件中读取数据。 同时输出的html的报告支持修改格式,可以替换为自己的模板。修改安装路径...
访问FastQC官方网站: 打开浏览器,访问FastQC官方网站。 下载适用于Windows系统的FastQC安装程序: 在FastQC官方网站上,找到并点击“Download Now”按钮。 在下载页面,向下滚动找到适用于Windows的版本,并下载对应的ZIP压缩包。 运行下载的安装程序: 下载完成后,解压ZIP压缩包到一个方便访问的目录,例如C:\Program File...
1、FastQC的安装 进入biosofts目录,下载fastqc安装包,wget 加安装包路径 将安装包文件解压缩 对FastQC增加执行权限,并查看安装情况 加入环境变量...
google-chrome your_sequence_file_fastqc.html 1. 这将打开FastQC生成的质量控制报告,您可以在其中查看您的测序数据的质量情况。 旅行图 为了更直观地展示安装和运行FastQC的步骤,我们可以使用mermaid语法创建一个旅行图: R 安装R和Java 安装R 安装Java
fastqc安装 1.cd ~/Biosofts #进入目录Biosofts 图1 2.wget http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.7.zip #下载fastqc 图2 3.mkdir ~/Biosofts/fastqc #创建文件夹 图3 4.unzip /disk1/shares/fastqc_v0.11.7.zip -d ~/Biosofts/ #解压文件到Biosofts目录中...