这可以是你的系统自带的终端(如macOS的Terminal或Windows的Command Prompt/PowerShell),或者是你安装的Anaconda Prompt。 输入Conda安装命令: 在命令行终端中,输入以下命令来安装FastQC: bash conda install -c bioconda fastqc 这里,-c bioconda 指定了从Bioconda频道安装FastQC,因为FastQC可能不在默认的Conda频道中。
基于conda安装 在Linux系统下可以直接使用conda安装:https://anaconda.org/bioconda/fastqc #安装代码 conda install -c bioconda fastqc #查看fastqc是否安装完成 fastqc --version #查看fastqc的参数 fastqc --help 主要参数解读: -o 或 --outdir #FastQC生成的报告文件的储存路径,生成的报告的文件名是根据输入来...
直接使用conda安装 conda install fastqc 二、软件参数和使用 1、常用的参数设置 -h|--help: 输出帮助信息 -o|--outdir:输出结果路径 -t|--threads: 使用线程个数 --extract:输出结果解压缩。 -a|--adapters:自己指定的adapter序列。默认的序列是Illumina的接头序列,可以在FastQC/Configuration/adapter_list.tx...
Mamba是Conda的一个快速替代品,具有更快的安装速度。FastQC是一个用于质量控制和可视化的工具,常用于生物信息学数据分析。一、安装Mamba要使用Mamba,首先需要安装它。以下是安装Mamba的步骤: 打开终端或命令提示符窗口。 输入以下命令以安装Mamba: conda install -c conda-forge mamba 等待安装完成。二、安装FastQC一旦...
fastqc是高通量序列(fa/fq)质量控制(QC)分析工具。它可以快速地对测序数据进行质量评估,得到多个测序数据的质量参数,让我们对测序数据质量有个初步的认识,从而判断后续的质控如何进行。 使用fastqc做质控 使用fastqc批处理 FastQC官网 一、安装 conda install -c bioconda fastqc ...
1.conda安装 详见:Linux009 Miniconda安装生信软件 2.使用Miniconda安装fastqc conda install fastqc 3.下载测试数据 sra toolkit:Linux009 Miniconda安装生信软件 以Miseq测序数据为例(数据量小,方便测试) image.png nohup prefetchSRR11429517>/dev/null2>/dev/null ##将下载进程放入后台运行 ...
conda install multiqc -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda 输入y multiqc . cd Biosofts #进入目录 ls #查看文件 (1).在服务器查看文件 less multiqc_report.html #查看文件内容 按q退出 (2).在Windows查看 先拖拽下载到桌面上,再点击打开查看 ...
对于Windows和Mac用户,可以直接到FastQC的官方网站(https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/)下载相应的zip压缩包,解压后即可使用。 对于Linux用户,可以通过多种方法安装。 #通过conda安装 conda install fastqc #通过apt安装 sudo apt install fastqc ...
conda install FastQC 2.2 使用源代码安装 (手动安装) 下载 wget http://www.bioinformatics./projects/fastqc/fastqc_v0.11.3.zip 解压 unzip fastqc_v0.11.3.zip 设置权限 cd FastQC/ chmod 755 fastqc 加入到 PATH export PATH=/home/user/FastQC/:$PATH ...
conda install fastqc 使用 fastqc -o <outdir> -t <threads> fastq1 fastq2 ... 结果解读 运行结束后生成两个文件一个.html网页文件,一个是.zip压缩文件,只看html网页文件就可以了 基础信息 Filename:指的是进行质控的文件名 Encoding:指测序平台的版本和相应的编码版本号 ...