In addition to building up potential energy models, DeePMD-kit can also be used to build up coarse-grained models. In these models, the quantity that we want to parameterize is the free energy, or the coarse-grained potential, of the coarse-grained particles. See theDeePCG paperfor more de...
需要先进入DeePMD环境:module avail查看可用软件列表(确定DeePMD-kit版本),module load anaconda3 进入python环境,conda activate deepmd-2.2.9-gpu 进入DeePMD-kit环境(这里要注意与module avail查看的名称一致,否则计算报错)。然后进行数据转换:在终端输入 python3 回车、import dpdata 回车、data=dpdata.LabeledSystem('...
DeePMD-kit是一个强大的开源软件包,它使用被称为深度势能模型(DeepPotential,简称DP)的机器学习势能(MLP)来促进分子动力学模拟。该软件包于2017年发布,并广泛应用于物理学、化学、生物学和材料科学领域,用于研究原子尺度体系。DeePMD-kit的当前版本提供了许多先进功能,如DeepPot-SE模型、基于注意力机制的描述符、混合...
DeePMD-kit的安装与环境激活 DeePMD-kit的安装可以详见Github的网站,这里给出了很多种安装方式的选择 我选择的是通过conda来安装。点进“conda”的超链接进入新的界面可以看到如下的具体安装指令 我选择了CPU的版本,也就是直接在Linux上(提前安装好Anaconda)输入 conda create -n deepmd deepmd-kit=*=*cpu libdeepmd...
一旦conda成功安装，打开.bashrc文件，并在其中添加如下环境变量（请将"sunny"替换为您的用户名）：执行source命令以使环境变量生效，您可以通过运行以下命令测试conda的安装状态：如果返回了conda版本号，表示已成功安装conda，接下来可以进行DeepMD-kit的安装。DeepMD-kit提供了针对CPU和GPU的两个版本，您可以...
Use DeePMD-kit Troubleshooting Model compatability Installation: inadequate versions of gcc/g++ Installation: build files left in DeePMD-kit MD: cannot run LAMMPS after installing a new version of DeePMD-kit 新版Notebook- BML CodeLab上线,fork后可修改项目版本进行体验 DeePMD-kit Manual Table of conten...
Deepmd-kit 是一款利用深度学习训练第一性原理数据得到势能模型的软件。其精致严谨的模型构造和高效自动的深度学习框架,使得产生的势能模型可以兼顾量子力学的精度和传统经验力场的效率。 - 飞桨AI Studio
DeePMD-kit包括三部分:1) 用于计算作用力、描述符和作用力的C++库,包括与TensorFlow的接口和第三方MD包;2) 使用TensorFlow的训练和测试程序;3) 对于LAMMPS和i-PI的支持。 一个完整的模拟过程包括以下步骤:1) 对于给定的系统,DeePMD-kit先将AIMD计算得到的数据转化为一种自定义的文件格式,其中包括原子的坐标以及原子...
首先，确保你已经在Linux系统（我使用的是Mac终端）上做好准备。DeePMD-kit提供了离线、conda和docker三种安装方式，这里我将重点介绍使用conda安装。推荐使用Miniconda，因为它的安装过程相对简单。从Miniconda官网下载适用于MacOS的bash版本安装包，然后在终端运行下载的安装程序。安装过程中，会询问你是否接受...
DeepMD-kit软件在科研领域的应用颇为广泛，以化学科学为例，它在探索物质性质和结构方面展现出独特优势。一项研究中，DeepMD-kit结合AIMD技术，对TiO2-H2O界面进行了模拟，揭示了该界面在光催化水全解、UV诱导亲水性、TiO2生物活性等领域的关键作用。传统ab initio分子动力学技术在模拟固液界面时受到计算性能...