DeePMD-kit(PaddlePaddle backend) Important 本项目为 DeePMD-kit 的 PaddlePaddle 版本,修改了部分代码,使其可以以 PaddlePaddle(GPU) 为后端进行训练、评估、模型导出、LAMMPS 推理等任务。案例支持情况如下所示。 exampleTrainTestExportLAMMPS water/se_e2_a✅✅✅✅ ...
关于DeepMD-kit有很多资料可以学习。下面把自己参考的一些教程都列一下。 知乎: 深度势能Deep Potentialwww.zhihu.com/org/shen-du-shi-neng-deep-potential Github官网: https://www.baidu.com/link?url=8htR-4L8d2AP8QnfuMTaQZ977XQGCXOSNmQTgNF1ELr3RlHRYWq-c9pXkbKYlGQw6wINc-A0JBAf1wGanjbMKK&wd...
this repo(https://github.com/lidanqing-intel/deep_md_test) is simple inference demo instead of LAMMPS part, the 3 custom ops is located in above-mentioned repo and they need to be compiled. I suggest that you install the all software(Paddle,DeepMD-kit,LAMMPS) in order to prepare whole ...
01.train: 包含DeePMD-kit配置示例input.json data:包含 DeePMD-kit 训练/验证数据的示例 2. 数据转换: 在我们平时的计算中,一般使用的市VASP进行计算,得到的计算结果的输出文件为OUTCAR,这个文件类型是不能直接进行DeePMD-kit训练的,所以首先要将OUTCAR文件转化为DeepMD-kit数据格式并保存在data目录当中。我们使用如...
后来还是在DeePMD-kit官网上查到了解决办法,使用condo-forge channel就可以啦~ 输入图中所示命令就行 conda create -n deepmd deepmd-kit lammps -c conda-forge 之后就是等待安装,时间不快不慢吧。安装好之后,会出现以下界面 根据提示,输入以下命令,就可以激活环境了。环境激活后,命令行的(base)会变成(deepmd)...
DeePMD-kit 的数据格式在官网上有介绍,但是很复杂的样子。。别怕,DP君给大家介绍一款数据处理神器:dpdata,只用一行Python命令就能处理好数据,方便程度让人根本停不下来! >>>importdpdata>>>dpdata.LabeledSystem('OUTCAR').to('deepmd/npy','data',set_size=200) ...
训练势函数主要使用DeepMD-kit,因此,本文主要介绍ubuntu系统下DeepMD-kit的安装。 DeepMD官网给出了三种安装方式:离线、conda、docker。 下面主要介绍使用conda安装DeepMD-kit。 首先,需要安装conda软件,如果已经安装conda,可以直接跳到第2步。 (1)conda安装
假如测试成功,我们会得到---output of dptest---相关输出,这些信息会帮助我们判断模型的质量和可靠性。 DeePMD-kit提供了多个选项来应用这个模型:(1)使用python预测一个构型的能量和受力,使用ASE做预测;(2)使用LAMMPS或者gromacs跑分子动力学。 具体使用方法下一篇文章继续介绍!
近日,我已经通过conda-build[1]构建了deepmd-kit(含lammps模块)的conda packges[2],并用constructor[3]打包了离线安装包。下介绍安装方法及注意事项: 一、conda安装 安装conda后,使用以下命令安装GPU版: conda install deepmd-kit=*=*gpu lammps-dp=*=*gpu -c deepmodeling ...
首先,确保你已经在Linux系统(我使用的是Mac终端)上做好准备。DeePMD-kit提供了离线、conda和docker三种安装方式,这里我将重点介绍使用conda安装。推荐使用Miniconda,因为它的安装过程相对简单。从Miniconda官网下载适用于MacOS的bash版本安装包,然后在终端运行下载的安装程序。安装过程中,会询问你是否接受...