In addition to building up potential energy models, DeePMD-kit can also be used to build up coarse-grained models. In these models, the quantity that we want to parameterize is the free energy, or the coarse-grained potential, of the coarse-grained particles. See theDeePCG paperfor more de...
Deepmd-kit 此教程适用版本:v3.0.0 v3.0.0a0 v3.0.0b0 v3.0.0b1 v3.0.0b2 v3.0.0b3 v3.0.0b4 v3.0.0rc0 同时也适用于v2.2.11 但是v2版本不支持torch 仅支持tensorflow,所以以下内容中和torch有关的安装均不可用。 这里只讲GPU适配的,CPU版本安装并不复杂,就不做过多介绍了。 官网:https://docs....
参考Paddle 官网,安装对应机器环境的 GPU 版 paddlepaddle-develop 安装deepmd-kit git clone https://github.com/deepmodeling/deepmd-kit.git -b paddle2 cd deepmd-kit # 以editable 的方式安装,方便调试 pip install -e . -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple 2. 运行具体功能 2.1 安装 python...
conda create -n deepmd deepmd-kit=*=*cpu libdeepmd=*=*cpu lammps -c https://conda.deepmodeli...
训练势函数主要使用DeepMD-kit,因此,本文主要介绍ubuntu系统下DeepMD-kit的安装。 DeepMD官网给出了三种安装方式:离线、conda、docker。 下面主要介绍使用conda安装DeepMD-kit。 首先,需要安装conda软件,如果已经安装conda,可以直接跳到第2步。 (1)conda安装
关于DeepMD-kit有很多资料可以学习。下面把自己参考的一些教程都列一下。 知乎: 深度势能Deep Potentialwww.zhihu.com/org/shen-du-shi-neng-deep-potential Github官网: https://www.baidu.com/link?url=8htR-4L8d2AP8QnfuMTaQZ977XQGCXOSNmQTgNF1ELr3RlHRYWq-c9pXkbKYlGQw6wINc-A0JBAf1wGanjbMKK&wd...
目录 收起 DeepMD-kit安装 DP-GEN安装 最近在调研机器学习势方向的内容,然后用DeePMD-kit和DP-GEN做了一些尝试,但因为组内服务器不连外网,所以用的DP-GEN版本比较旧,并且开发团队也不发布DP-GEN的离线版本(截止v.10.6),所以只能进行离线安装最新版本。由于我刚刚涉及计算化学这个方向,对服务器的使用也比较生...
01.train: 包含DeePMD-kit配置示例input.json data:包含 DeePMD-kit 训练/验证数据的示例 2. 数据转换: 在我们平时的计算中,一般使用的市VASP进行计算,得到的计算结果的输出文件为OUTCAR,这个文件类型是不能直接进行DeePMD-kit训练的,所以首先要将OUTCAR文件转化为DeepMD-kit数据格式并保存在data目录当中。我们使用如...
conda install deepmd-kit=*=*gpu lammps-dp=*=*gpu -c deepmodeling 将gpu改为cpu即可安装CPU版: conda install deepmd-kit=*=*cpu lammps-dp=*=*cpu -c deepmodeling 如需指定版本,需将两个等号中间的*号改为版本号(目前有1.0.1和0.12.8): conda install deepmd-kit=1.0.1=*cpu lammps-dp=1.0.1...
后来还是在DeePMD-kit官网上查到了解决办法,使用condo-forge channel就可以啦～ 输入图中所示命令就行 conda create -n deepmd deepmd-kit lammps -c conda-forge 之后就是等待安装,时间不快不慢吧。安装好之后,会出现以下界面 根据提示,输入以下命令,就可以激活环境了。环境激活后,命令行的(base)会变成(deepmd)...