以下脚本,寻找当前路径下所有文件夹里面的vasprun.xml,读取vasp计算结果并输出为xyz文件。先尝试读vasprun.xml,不成功则读取OUTCAR。舍弃电子步没收敛的frame (电子步跑了60步即视为计算不收敛,若在INCAR设置了NEMAX,需修改脚本中的60为相应的NEMAX值)。此外,stress到virial有一个转换ase没做,故补上。label可加...
Python xxx.py --interval ==50. 采集60的点计算能量,把 incar,kpoints和poscar文件考到batch文件夹里,提取vasp信息,生成deepmd数据集。运行对应脚本后,生成对应的文件夹。 60个文件夹里放入incar,kpoints和poscar。并用vasp进行计算后,得到坐标能量受力通过脚本整理到deepmd文件夹。 后续用deepmd进行拟合。存储模式分...
第一步:利用VASP跑分子动力学,得到结果文件OUTCAR,作为准备好的数据集,其中包含不同点对应的原子坐标、原子间受力、能量等信息。 第二步:在DeePMD环境下对数据集OUTCAR进行数据转化,借助dpdata程序实现(https://github.com/deepmodeling/dpdata/),可以直接输入命令处理,也可写成脚本,利用脚本(dpslice.py)对数据集...
存储在System或LabeledSystem的数据可以转储为‘lammps/lmp’或‘vasp/poscar’格式,例如d_outcar的第一帧将存为'conf.lmp', d_outcar.to('lammps/lmp', 'conf.lmp', frame_idx=0) d_outcar的最后一帧将被转化成'POSCAR', d_outcar.to('vasp/poscar', 'POSCAR', frame_idx=-1) 下面的命令相对简单...
1. 一万个原子左右的VASP-MD根本算不动 2. 感觉可以设计不同掺杂浓度的体系作为训练集，比如DP-GEN...
UpdatedApr 7, 2025 Python chenggroup/ai2-kit Star60 Code Issues Pull requests A toolkit featured artificial intelligence × ab initio for computational chemistry research. workflowchemistryhpcslurmvasplammpscp2kmdanalysislaspdeepmd UpdatedMar 18, 2025 ...
存储在System或LabeledSystem的数据可以转储为‘lammps/lmp’或‘vasp/poscar’格式,例如d_outcar的第一帧将存为'conf.lmp', d_outcar.to('lammps/lmp', 'conf.lmp', frame_idx=0) d_outcar的最后一帧将被转化成'POSCAR', d_outcar.to('vasp/poscar','POSCAR', frame_idx=-1) ...
(一)转换VASP的OUTCAR文件为DeePMD-KIT数据 首先切换到如下目录: $deepmd_source_dir/examples/data_conv 使用以下python脚本转换数据: import dpdata dsys = dpdata.LabeledSystem('OUTCAR') dsys.to('deepmd/npy', 'deepmd_data', set_size = dsys.get_nframes()) ...
dpdatais a python package for manipulating DeePMD-kit, VASP, LAMMPS data formats. dpdata only works with python 3.x. Installation One can download the source code of dpdata by git clone https://github.com/deepmodeling/dpdata.git dpdata ...
12、整个网络同样由全联接网络组成并使用tanh作为网络的激活函数。通过将d和n结合,deepmd-kit模型可以通过拟合从vasp、quantumespresso和pwmat等科学计算软件生成的第一性原理数据来实现第一性原理精度。原子i的力操作在反向传播过程中获得(如图1(f)所示)表示为: ...