1. 使用mamba/conda配置虚拟环境,安装LAMMPS,OpenMM,DFTB,XTB,MDtraj,Obabel,ASE等软件 2. 综合使用sobtop软件快速生成任意有机分子的GAFF力场参数文件,并使用OpenMM执行分子模拟 3. sobtop软件的基本介绍和批量操作 4. GAFF力场的概述 5.OpenMM的基本使用 6. 使用XTB或ORCA等软件得到高精度量化数据集 6.1 XTB或O...
1. 使用OpenMM执行有机体系的分子模拟 2. 基于机器学习力场方法,结合LAMMPS执行合金或锂电池体系的分子模拟 3. 使用MDtraj等软件进行模拟结果的后处理分析与Python高质量科研绘图,包括:能量与力的预测曲线,径向分布函数,键长键角二面角分布,电池电压曲线等 第二部分(机器学习力场的发展--不变模型系列) 理论内容 1. ...
lammps学习记录3:运行的基础-输入文件 本节内容参照官方文档第四、五部分4. Run LAMMPS - LAMMPS documentation1.基础 lammps通过命令行运行,具体是通过-in命令行标志或者标准输入文件,输入文件的名称以… 阅读全文 赞同 2 1 条评论 分享 ...
CPU版本: (base)$condacreate-ndeepmddeepmd-kit=*=*cpulibdeepmd=*=*cpulammps-chttps://conda.deepmodeling.org GPU版本: (base)$condacreate-ndeepmddeepmd-kit=*=*gpulibdeepmd=*=*gpulammpscudatoolkit=11.3horovod-chttps://conda.deepmodeling.org 安装完成后,激活DeepMD环境 condaactivatedeepmd 左侧的(b...
deepmdkit 源码安装 和lammps接口 其实直接用conda也能配置好环境，conda create -n deepmd deepmd-kit=...
论坛里的各位大佬们，我最近需要用deepmd势做一个大体系的计算。在运行过程中会直接报错提示GPU0显存不...
请耐心等待。以下是CPU和GPU版本的安装命令：完成安装后，激活DeepMD环境，此时左侧的(base)将转变为(deepmd)，表明您已经成功进入DeepMD环境，可以开始进行深度势能训练。希望本文的介绍能够帮助您成功安装DeepMD-kit，开启深度势能训练的旅程。感谢您的阅读，更多关于lammps加油站的内容，请关注公众号。
conda build 系列教程・deepmd 的构建|lammps-dp 在搞定libdeepmd 的构建后,我们终于来到了最后一关:LAMMPS。 这里以今年 3 月发布的 LAMMPS stable_3Mar2020 为例。在寻常的安装中,我们需要把 文件夹拷进 目录下,这次也不例外,我们在 的最开头便做了这件事:...
Bug summary We tried to run LAMMPS with deepmd+voronoi, it leads to the error: ERROR: Unrecognized pair style 'deepmd' (src/force.cpp:275) Last command: pair_style deepmd Ti5_small_i2_compressed_step01.pb Cuda driver error 4 in call at f...
DeePMDkit提供了LAMMPS的pypi轮子作为可选依赖。用户可通过pip安装LAMMPS接口，并利用entry points提供的CLI和plugin入口进行集成。C接口的使用：对于需要C++接口的用户，DeePMDkit推出了C接口，不包含任何依赖，便于与原有C++接口无缝迁移。用户可从GitHub Actions下载支持CUDA 11的libdeepmd_c.tar.gz包，解压...