-DCMAKE_INSTALL_PREFIX后面是指定安装位置,安装前注意安装位置,别安装到系统环境里面去了,不然后期升级DeePMD-kit的版本都不好升级。 make && make install make lammps 这时候目录下会有一个USER-DEEPMD,将这个文件夹cp到lammps的src目录下。 Lammps编译 cp /xx/lammps-29Aug2024/lib/gpu vim Makefile.mpi 如...
DeepMD-kit有CPU和GPU两个版本,根据自己需求选择对应的版本: 在控制台输入对应的命令后会自动下载安装,安装过程会下载各种支持软件包,时间相对较长,耐心等待安装完成。 CPU版本: (base)$condacreate-ndeepmddeepmd-kit=*=*cpulibdeepmd=*=*cpulammps-chttps://conda.deepmodeling.org GPU版本: (base)$condacreate...
第四步:对训练好的模型进行冻结,转化为lammps可以读取的格式。终端输入:dp freeze -o graph.pb 回车,目录下会生成graph.pb力场文件。 第五步:模型压缩,加快lammps计算。终端输入:dp compress -i graph.pb -o graph-compress.pb 回车,目录下生成graph-compress.pb,为lammps计算使用的势函数。 第六步:检验模型的...
如图 [2]所示,DeePMD-kit的代码包括以下模块: DeePMD-kit代码的架构。红色框表示DeePMD-kit包内的模块(绿色框),橙色框表示计算图,蓝色框表示DeePMD-kit的依赖项,黄色框表示与DeePMD-kit集成功能的第三方包(包括LAMMPS,i-PI,GROMACS,AMBER,OpenMM,ABACUS,ASE,MAGUS,DP-Data,DP-GEN和MLatom)。自定义操作符是指...
请耐心等待。以下是CPU和GPU版本的安装命令：完成安装后，激活DeepMD环境，此时左侧的(base)将转变为(deepmd)，表明您已经成功进入DeepMD环境，可以开始进行深度势能训练。希望本文的介绍能够帮助您成功安装DeepMD-kit，开启深度势能训练的旅程。感谢您的阅读，更多关于lammps加油站的内容，请关注公众号。
The source code of LAMMPS is stored in the directorylammps-stable_29Aug2024_update1. The directory of the source code should be specified as the CMAKE argumentLAMMPS_SOURCE_ROOTduring installation of the DeePMD-kit C++ interface. Now go into the LAMMPS directory and create a directory calledbui...
9.3. LAMMPS commands 9.3.1. Enable DeePMD-kit plugin (plugin mode) If you are using the plugin mode, enable DeePMD-kit package in LAMMPS with plugin command: plugin load libdeepmd_lmp.so After LAMMPS version patch_24Mar2022, another way to load plugins is to set the ...
1、deepmd-kit模型是一个基于深度势(dp)方法的开源nnmd包。它支持训练dp模型,并执行dp模型推断以推导势能面(pes)。目前,deepmd-kit模型被实现为lammps的一个力场插件,用于进行大规模分子动力学模拟,deepmd-kit模型的计算过程如图1所示,lammps基于这些统计数据完成一步md模拟,并更新原子位置。
lammps和ch4.dump文件，可以直观地验证模型预测结果的有效性。值得注意的是，在使用LAMMPS运行模拟时，可能遇到相关问题，例如找不到deepmd包。此时，确保已正确安装DeePMD-kit以及LAMMPS，并通过lmp_mpi或lmp_serial命令调用LAMMPS是关键。若遇到其他未解决的问题，建议查找相关文档或社区资源寻求帮助。
如需GPU加速，DeePMDkit支持CUDA 11.8版本。安装时，系统会自动检测GPU可用性，并相应安装CPU或GPU版本。值得注意的是，由于CUDA 11的改进，构建的包在CUDA 11.2版本下同样可用。LAMMPS接口安装：DeePMDkit提供了LAMMPS的pypi轮子作为可选依赖。用户可通过pip安装LAMMPS接口，并利用entry points提供的CLI和...