-DCMAKE_INSTALL_PREFIX后面是指定安装位置,安装前注意安装位置,别安装到系统环境里面去了,不然后期升级DeePMD-kit的版本都不好升级。 make && make install make lammps 这时候目录下会有一个USER-DEEPMD,将这个文件夹cp到lammps的src目录下。 Lammps编译 cp /xx/lammps-29Aug2024/lib/gpu vim Makefile.mpi 如...
DeepMD-kit有CPU和GPU两个版本,根据自己需求选择对应的版本: 在控制台输入对应的命令后会自动下载安装,安装过程会下载各种支持软件包,时间相对较长,耐心等待安装完成。 CPU版本: (base)$condacreate-ndeepmddeepmd-kit=*=*cpulibdeepmd=*=*cpulammps-chttps://conda.deepmodeling.org GPU版本: (base)$condacreate...
01.train: 包含使用 DeePMD-kit 训练模型的示例脚本, 02.lmp: 包含用于分子动力学模拟的 LAMMPS 示例脚本。 (2)转换数据格式 利用dpdata进行数据格式转换,将OUTCAR格式转换为DeePMD-kit 的压缩格式 将以下命令复制到一个新的python脚本中:vi trans.py(我这里叫做trans.py),并将脚本放入00.data文件夹中,运行pytho...
第四步:对训练好的模型进行冻结,转化为lammps可以读取的格式。终端输入:dp freeze -o graph.pb 回车,目录下会生成graph.pb力场文件。 第五步:模型压缩,加快lammps计算。终端输入:dp compress -i graph.pb -o graph-compress.pb 回车,目录下生成graph-compress.pb,为lammps计算使用的势函数。 第六步:检验模型的...
请耐心等待。以下是CPU和GPU版本的安装命令：完成安装后，激活DeepMD环境，此时左侧的(base)将转变为(deepmd)，表明您已经成功进入DeepMD环境，可以开始进行深度势能训练。希望本文的介绍能够帮助您成功安装DeepMD-kit，开启深度势能训练的旅程。感谢您的阅读，更多关于lammps加油站的内容，请关注公众号。
conda create -n deepmd deepmd-kit=*=*cpu lammps-dp -c https://conda.deepmodeling.org conda activate deepmd 如果你需要GPU支持,可以替换*=*cpu为*=*gpu并安装相应的CUDA工具包。 4. 验证DeepMD插件的安装 安装完成后,你需要验证DeepMD插件是否在LAMMPS中正确安装并可以正常使用。这通常涉及到编译LAMMPS并...
1. 只安装deepmd-kit包 (此步目的是在lammps运行中可以调用deepmd类型的势函数文件)make yes-kspace...
因此，conda-forge的DeePMD-kit与LAMMPS解耦，全面支持macOS平台。考虑到C++接口在不同编译环境下的ABI差异，DeePMD-kit推出了C接口，不包含任何依赖，并提供一个C++实现的头文件，以便与原来的C++接口实现无缝迁移。通过GitHub Actions打包和分发Linux环境下、支持CUDA 11的libdeepmd_c.tar.gz，用户可以直接...
与大体系的结构相似)来做AIMD，之后再给到DeePMD-kit训练力场，最后给大体系在LAMMPS中做MD。
DeepMD-kit 拟合势函数，用Lammps, 进行不同压强下的结构优化，输出的结果中压强不正确是什么原因造成的...