安装CPU版本的DeePMD-kit和LAMMPS: conda create -n deepmd deepmd-kit=*=*cpu libdeepmd=*=*cpu lammps-dp -c https://conda.deepmodeling.org 安装GPU版本的DeePMD-kit和LAMMPS以及CUDA: conda create -n deepmd deepmd-kit=*=*gpu libdeepmd=*=*gpu lammps-dp cudatoolkit=11.3 horovod -c https://con...
01.train: 包含使用 DeePMD-kit 训练模型的示例脚本, 02.lmp: 包含用于分子动力学模拟的 LAMMPS 示例脚本。 (2)转换数据格式 利用dpdata进行数据格式转换,将OUTCAR格式转换为DeePMD-kit 的压缩格式 将以下命令复制到一个新的python脚本中:vi trans.py(我这里叫做trans.py),并将脚本放入00.data文件夹中,运行pytho...
-DCMAKE_INSTALL_PREFIX后面是指定安装位置,安装前注意安装位置,别安装到系统环境里面去了,不然后期升级DeePMD-kit的版本都不好升级。 make && make install make lammps 这时候目录下会有一个USER-DEEPMD,将这个文件夹cp到lammps的src目录下。 Lammps编译 cp /xx/lammps-29Aug2024/lib/gpu vim Makefile.mpi 如...
接下是DeePMD-kit上机操作流程(第一性原理计算软件:VASP;经典分子动力学软件:Lammps为例): DeePMD-kit训练流程 第一步:利用VASP跑分子动力学,得到结果文件OUTCAR,作为准备好的数据集,其中包含不同点对应的原子坐标、原子间受力、能量等信息。 第二步:在DeePMD环境下对数据集OUTCAR进行数据转化,借助dpdata程序实现(...
因此，conda-forge的DeePMD-kit与LAMMPS解耦，全面支持macOS平台。考虑到C++接口在不同编译环境下的ABI差异，DeePMD-kit推出了C接口，不包含任何依赖，并提供一个C++实现的头文件，以便与原来的C++接口实现无缝迁移。通过GitHub Actions打包和分发Linux环境下、支持CUDA 11的libdeepmd_c.tar.gz，用户可以直接...
请耐心等待。以下是CPU和GPU版本的安装命令：完成安装后，激活DeepMD环境，此时左侧的(base)将转变为(deepmd)，表明您已经成功进入DeepMD环境，可以开始进行深度势能训练。希望本文的介绍能够帮助您成功安装DeepMD-kit，开启深度势能训练的旅程。感谢您的阅读，更多关于lammps加油站的内容，请关注公众号。
用户可以按照说明书安装Python接口和C++接口,手动安装DeePMD-KIT的难度相对较大。将DeePMD-KIT与LAMMPS、i-PI或GROMACS配合使用时,C++接口是必需的。有三种安装模式可以选择:离线安装、conda安装、docker安装。 一、conda安装 安装CPU版本的DeePMD-kit和LAMMPS: ...
DeepMD-kit 拟合势函数，用Lammps, 进行不同压强下的结构优化，输出的结果中压强不正确是什么原因造成的...
与大体系的结构相似)来做AIMD，之后再给到DeePMD-kit训练力场，最后给大体系在LAMMPS中做MD。
lammps和ch4.dump文件，可以直观地验证模型预测结果的有效性。值得注意的是，在使用LAMMPS运行模拟时，可能遇到相关问题，例如找不到deepmd包。此时，确保已正确安装DeePMD-kit以及LAMMPS，并通过lmp_mpi或lmp_serial命令调用LAMMPS是关键。若遇到其他未解决的问题，建议查找相关文档或社区资源寻求帮助。