-DCMAKE_INSTALL_PREFIX后面是指定安装位置,安装前注意安装位置,别安装到系统环境里面去了,不然后期升级DeePMD-kit的版本都不好升级。 make && make install make lammps 这时候目录下会有一个USER-DEEPMD,将这个文件夹cp到lammps的src目录下。 Lammps编译 cp /xx/lammps-29Aug2024/lib/gpu vim Makefile.mpi 如...
01.train: 包含使用 DeePMD-kit 训练模型的示例脚本, 02.lmp: 包含用于分子动力学模拟的 LAMMPS 示例脚本。 (2)转换数据格式 利用dpdata进行数据格式转换,将OUTCAR格式转换为DeePMD-kit 的压缩格式 将以下命令复制到一个新的python脚本中:vi trans.py(我这里叫做trans.py),并将脚本放入00.data文件夹中,运行pytho...
安装CPU版本的DeePMD-kit和LAMMPS: conda create -n deepmd deepmd-kit=*=*cpu libdeepmd=*=*cpu lammps-dp -c https://conda.deepmodeling.org 安装GPU版本的DeePMD-kit和LAMMPS以及CUDA: conda create -n deepmd deepmd-kit=*=*gpu libdeepmd=*=*gpu lammps-dp cudatoolkit=11.3 horovod -c https://con...
接下是DeePMD-kit上机操作流程(第一性原理计算软件:VASP;经典分子动力学软件:Lammps为例): DeePMD-kit训练流程 第一步:利用VASP跑分子动力学,得到结果文件OUTCAR,作为准备好的数据集,其中包含不同点对应的原子坐标、原子间受力、能量等信息。 第二步:在DeePMD环境下对数据集OUTCAR进行数据转化,借助dpdata程序实现(...
如需GPU加速，DeePMDkit支持CUDA 11.8版本。安装时，系统会自动检测GPU可用性，并相应安装CPU或GPU版本。值得注意的是，由于CUDA 11的改进，构建的包在CUDA 11.2版本下同样可用。LAMMPS接口安装：DeePMDkit提供了LAMMPS的pypi轮子作为可选依赖。用户可通过pip安装LAMMPS接口，并利用entry points提供的CLI和...
请耐心等待。以下是CPU和GPU版本的安装命令：完成安装后，激活DeepMD环境，此时左侧的(base)将转变为(deepmd)，表明您已经成功进入DeepMD环境，可以开始进行深度势能训练。希望本文的介绍能够帮助您成功安装DeepMD-kit，开启深度势能训练的旅程。感谢您的阅读，更多关于lammps加油站的内容，请关注公众号。
安装完成后,您可以通过运行以下命令来验证DeepMD-kit是否安装成功: bash dp --help 如果安装成功,您应该会看到DeepMD-kit的使用说明和命令选项。 此外,如果您还安装了LAMMPS(通常与DeepMD-kit一起使用),您也可以通过运行以下命令来验证LAMMPS是否安装成功: bash lmp --help 如果看到LAMMPS的使用说明和命令选项,则...
1、deepmd-kit模型是一个基于深度势(dp)方法的开源nnmd包。它支持训练dp模型,并执行dp模型推断以推导势能面(pes)。目前,deepmd-kit模型被实现为lammps的一个力场插件,用于进行大规模分子动力学模拟,deepmd-kit模型的计算过程如图1所示,lammps基于这些统计数据完成一步md模拟,并更新原子位置。
用户可以按照说明书安装Python接口和C++接口,手动安装DeePMD-KIT的难度相对较大。将DeePMD-KIT与LAMMPS、i-PI或GROMACS配合使用时,C++接口是必需的。有三种安装模式可以选择:离线安装、conda安装、docker安装。 一、conda安装 安装CPU版本的DeePMD-kit和LAMMPS: ...
DeePMD-kit包括三部分:1) 用于计算作用力、描述符和作用力的C++库,包括与TensorFlow的接口和第三方MD包;2) 使用TensorFlow的训练和测试程序;3) 对于LAMMPS和i-PI的支持。 一个完整的模拟过程包括以下步骤:1) 对于给定的系统,DeePMD-kit先将AIMD计算得到的数据转化为一种自定义的文件格式,其中包括原子的坐标以及原子...