4. 生态最好的机器学习力场模型 4.1 DeePMD系列工作的详解 实操内容(以合金体系为案例) 1. 使用dpdata转化数据格式,并生成训练,验证和测试数据集 2. DeePMD的超参数概述 3. DeePMD的使用,包括训练,冻结,压缩和测试 4. 综合使用LAMMPS和DeePMD模型执行高精度的分子动力学模拟 5. 分子模拟的数据后处理与分析 第三...
要在LAMMPS中安装DeepMD插件,可以按照以下步骤进行: 1. 确认系统环境和依赖关系 在安装DeepMD之前,需要确保你的系统环境满足安装要求。DeepMD依赖于一些基本的系统库和工具,如GCC、CMake等。同时,你需要确认你的系统是否安装了支持DeepMD的编译器和MPI库。 2. 下载DeepMD插件或软件包 你可以从DeepMD的官方网站或GitHub...
-DCMAKE_INSTALL_PREFIX后面是指定安装位置,安装前注意安装位置,别安装到系统环境里面去了,不然后期升级DeePMD-kit的版本都不好升级。 make && make install make lammps 这时候目录下会有一个USER-DEEPMD,将这个文件夹cp到lammps的src目录下。 Lammps编译 cp /xx/lammps-29Aug2024/lib/gpu vim Makefile.mpi 如...
DeepMD-kit有CPU和GPU两个版本,根据自己需求选择对应的版本: 在控制台输入对应的命令后会自动下载安装,安装过程会下载各种支持软件包,时间相对较长,耐心等待安装完成。 CPU版本: (base)$condacreate-ndeepmddeepmd-kit=*=*cpulibdeepmd=*=*cpulammps-chttps://conda.deepmodeling.org GPU版本: (base)$condacreate...
输入文件中的pair_style命令使用 DeePMD 模型来描述石墨烯系统中的原子相互作用。 graphene-compress.pb文件表示用于推断的冻结和压缩模型。 MD 模拟中的石墨烯系统包含 1560 个原子。 周期性边界条件应用于横向x和y方向,自由边界应用于z方向。 时间步长设置为 1 fs 。
3. DeePMD的使用,包括训练,冻结,压缩和测试 4. 综合使用LAMMPS和DeePMD模型执行高精度的分子动力学模拟 5. 分子模拟的数据后处理与分析 第三部分(机器学习力场的发展--等变模型系列,领域热点) 理论内容 1. 等变的概念,特点,分类和应用 2. 等变与不变的区别 ...
cd 到您选择的目录，并运行以下命令安装conda：一旦conda成功安装，打开.bashrc文件，并在其中添加如下环境变量（请将"sunny"替换为您的用户名）：执行source命令以使环境变量生效，您可以通过运行以下命令测试conda的安装状态：如果返回了conda版本号，表示已成功安装conda，接下来可以进行DeepMD-kit的安装。
1. 只安装deepmd-kit包 (此步目的是在lammps运行中可以调用deepmd类型的势函数文件)make yes-kspace...
conda build 系列教程・deepmd 的构建|lammps-dp 在搞定libdeepmd 的构建后,我们终于来到了最后一关:LAMMPS。 这里以今年 3 月发布的 LAMMPS stable_3Mar2020 为例。在寻常的安装中,我们需要把 文件夹拷进 目录下,这次也不例外,我们在 的最开头便做了这件事:...
Bug summary We tried to run LAMMPS with deepmd+voronoi, it leads to the error: ERROR: Unrecognized pair style 'deepmd' (src/force.cpp:275) Last command: pair_style deepmd Ti5_small_i2_compressed_step01.pb Cuda driver error 4 in call at f...