此次的例子是通过使用 VASP 对气相甲烷分子进行从头算分子动力学 (AIMD) 模拟产生的。 解压后可以得到三个文件夹: 00.data 01.train 02.lmp 其中: 00.data: 包含训练数据 01.train: 包含使用 DeePMD-kit 训练模型的示例脚本, 02.lmp: 包含用于分子动力学模拟的 LAMMPS 示例脚本。 (2)转换数据格式 利用dpdata...
准备好data文件夹以及.json文件就可以开始训练模型了,如果是用Slurm作业管理系统需要准备一个脚本【如上面的dpmd.slurm】,核心调用语句使用 nohup dp train input.json 1>runlog 2>err & 就可以了,其中nohup是让断开与服务器连接后依然继续运行,&则是控制后台运行。input.json文件如果命名成其他名称,比如Na.json,...
一、安装DeepMD-kit安装Anaconda，可通过下载并执行相应脚本来完成。使用conda命令安装deepmd-kit v2.0.0，注意根据GPU型号选择合适的CUDA Toolkit版本（本文中选择10.1），并确保NVIDIA驱动版本较高，避免因版本不一致导致的错误。二、使用DeepMD-kit先安装dpdata。使用`script.py`脚本（源自dpdata的GitHub...
训练参数包括训练步数（如1000000步），显示频率（每1000步打印一次信息）和保存频率（每10000步保存一次模型），这些可以根据实际需求进行调整。在训练完成之后，模型需要进行冻结和压缩以优化性能和内存使用。冻结过程将TensorFlow的checkpoint文件转换为.pb格式，便于后续操作。压缩模型则进一步提高计算效率，将基...
DeePMD-kit支持CPU和GPU版本，根据个人需求选择。在终端运行相应命令安装。若需指定版本，替换命令中的*号为版本号。例如，要安装2.1.1版本，相应命令为：GPU版本：CPU版本：安装过程中，可能会遇到问题。为解决这类问题，推荐访问DeePMD-kit官方文档或使用conda-forge channel，执行特定命令以优化安装流程...
进行DeePMD-kit训练前，首先了解训练流程。准备数据阶段，新手可能缺乏现成数据，因此建议使用DeePMD-kit官方教程提供的示例数据进行测试。下载数据时使用wget命令，若系统未安装，参照链接安装。解压数据后，将VASP计算结果输出的OUTCAR文件转化为DeepMD-kit可使用的数据格式。转换使用特定命令，data目录下会生成...
首先，确保你已经在Linux系统（我使用的是Mac终端）上做好准备。DeePMD-kit提供了离线、conda和docker三种安装方式，这里我将重点介绍使用conda安装。推荐使用Miniconda，因为它的安装过程相对简单。从Miniconda官网下载适用于MacOS的bash版本安装包，然后在终端运行下载的安装程序。安装过程中，会询问你是否接受...
python的多线程无法实现真正的并行运算,这主要是因为GIL锁的存在。因此python中的多线程是无法充分利用多核优势的。如果想要充分的利用多核cpu资源,就需要使用python的多进程编程。python有一个多进程包multiprocessing,可以很方便的实现程序的并行运算。 多进程:对于计算密集型任务,多进程占优势,计算密集型的任务需要利用...
深度学习分子模拟软件 DeePMD-kit 开发使用交流会 简介 DeePMD-kit 是围绕深度学习分子模拟方法DeepPotential开发的开源科学软件包。发布一年多以来,DeePMD-kit已被国内外多个研究组使用,涉及物理、化学、材料等多个领域。由于应用与开发需求的不断增加,我们决定定期开展使用交流会。在本次交流会上我们将发布和介绍DeePMD...
DeePMD-kit 是围绕深度学习分子模拟方法DeepPotential开发的开源科学软件包。发布一年多以来,DeePMD-kit已被国内外多个研究组使用,涉及物理、化学、材料等多个领域。由于应用与开发需求的不断增加,我们决定定期开展使用交流会。在本次交流会上我们将发布和介绍...