01.train: 包含DeePMD-kit配置示例input.json data:包含 DeePMD-kit 训练/验证数据的示例 2. 数据转换: 在我们平时的计算中,一般使用的市VASP进行计算,得到的计算结果的输出文件为OUTCAR,这个文件类型是不能直接进行DeePMD-kit训练的,所以首先要将OUTCAR文件转化为DeepMD-kit数据格式并保存在data目录当中。我们使用如...
DeepMD-kit有CPU和GPU两个版本,根据自己需求选择对应的版本 在终端输入以下命令即可: GPU版本: conda create -n deepmd deepmd-kit=*=*gpu libdeepmd=*=*gpu lammps cudatoolkit=11.6 horovod -c https://conda.deepmodeling.com -c defaults CPU版本: conda create -n deepmd deepmd-kit=*=*cpu libdeepmd=...
首先,确保你已经在Linux系统(我使用的是Mac终端)上做好准备。DeePMD-kit提供了离线、conda和docker三种安装方式,这里我将重点介绍使用conda安装。推荐使用Miniconda,因为它的安装过程相对简单。从Miniconda官网下载适用于MacOS的bash版本安装包,然后在终端运行下载的安装程序。安装过程中,会询问你是否接受许...
DeePMD-kit包括三部分:1) 用于计算作用力、描述符和作用力的C++库,包括与TensorFlow的接口和第三方MD包;2) 使用TensorFlow的训练和测试程序;3) 对于LAMMPS和i-PI的支持。 一个完整的模拟过程包括以下步骤:1) 对于给定的系统,DeePMD-kit先将AIMD计算得到的数据转化为一种自定义的文件格式,其中包括原子的坐标以及原子...
作者应用DeepMD-kit结合AIMD技术对TiO2-H2O界面进行模拟。TiO2-H2O界面在光催化水全解、UV诱导亲水性、...
Bohrium新手指导:10分钟在Bohrium跑通DeePMD-kit 深势科技· 2022-9-8 Deep|拜托啦 长小芽的Dany· 2023-12-1 4.5万54 05:43 7.8万337 05:54 3.8万81 12:12 30,40万幕后故事及近况分享 亲一口呗· 2023-7-25 976128 05:54 [Deep]「中字」那个 ...
DeePMD-kit包括三部分:1) 用于计算作用力、描述符和作用力的C++库,包括与TensorFlow的接口和第三方MD包;2) 使用TensorFlow的训练和测试程序;3) 对于LAMMPS和i-PI的支持。 一个完整的模拟过程包括以下步骤:1) 对于给定的系统,DeePMD-kit先将AIMD计算得到的数据转化为一种自定义的文件格式,其中包括原子的坐标以及原子...
数据准备: 将DFT的计算结果转化成DeepMD-kit能够识别的数据格式。 训练: 使用前一步准备好的数据通过DeepMD-kit来训练一个深度势能模型(Deep Potential Model) 冻结/压缩模型:最后我们需要做的就是冻结/压缩一个训练过程中输出的重启动文件来生成模型。相信你已经迫不及待想要上手试试啦!让我们开始吧!
上篇文章说了如何使用conda安装DeePMD-kit,这篇文章就介绍一下如何快速上手进行一次DeePMD-kit训练,同样适合小白入门哟~ 在进行训练之前,我们先弄清楚一次DeePMD-kit训练的流程:准备数据: 将DFT的计算结果转化成DeepMD-kit能够识别的数据格式。训练: 使用前一步准备好的数据通过De… ...