首先,我们下载一个example,并保存到input.json。DeePMD-kit强大的地方就在于,同样的训练参数适用于各种不同的体系,我们只需对蓝色方块内的参数稍作修改就能开始训练。 首先我们需要修改的参数是 "type_map":["O","H"], DeePMD-kit数据中对每个原子类型是按从0开始的整数编号的。这个参数给了这样的编号系统中每...
DeePMD-kit是一个强大的开源软件包,它使用被称为深度势能模型(DeepPotential,简称DP)的机器学习势能(MLP)来促进分子动力学模拟。该软件包于2017年发布,并广泛应用于物理学、化学、生物学和材料科学领域,用于研究原子尺度体系。DeePMD-kit的当前版本提供了许多先进功能,如DeepPot-SE模型、基于注意力机制的描述符、混合...
根据训练进程的数量和可用的GPU卡数量,DeePMD-kit将决定是以并行(分布式)模式还是串行模式启动训练。 标定学习率 Horovod在数据并行模式下工作,从而产生更大的全局batch size。例如,当输入文件中的batch size设置为2时,启动了4个工作进程,实际批处理大小为8。因此,学习率会根据工作进程的数量自动调整以实现更好的收敛...
可参考官网手册 2.2. Installation - LAMMPS documentationdocs.lammps.org/Python_install.html a) 如果是cpu版本使用mpi安装的lammps则在src目录下 >> make mpi mode=shlib >> make install-python >> vi ~/.bashrc #添加环境变量2.2. Installation - LAMMPS documentationa) 如果是cpu版本使用mpi安装的lammps...