最方便的使用deepmd模型进行动力学的软件之一就是Lammps,可以简单地用如下方法来设置pair_style和pair_coeff即可 pair_style deepmd frozen_model.pb pair_coeff 需要强调的是,一般版本的Lammps并不具备识别deepmd类型势函数的功能,而在按照上面介绍的方法安装DeePMD-kit时,一般是已经将对应的Lammps安装好了。关于Lammps的...
上篇文章说了如何使用conda安装DeePMD-kit,这篇文章就介绍一下如何快速上手进行一次DeePMD-kit训练,同样适合小白入门哟~ 在进行训练之前,我们先弄清楚一次DeePMD-kit训练的流程:准备数据: 将DFT的计算结果转化成DeepMD-kit能够识别的数据格式。训练: 使用前一步准备好的数据通过De… ...
培训分为“DP 基础使用”、“DP 实战案例”、“DP 最新进展:DPA-2”三个部分。DP 基础使用主要给大家讲解 DP 系列软件的使用方法(主要是 DeePMD-kit 和 DP-GEN),DP 实战案例基于目前 DP 常见应用领域和学术成果,以理论+案例复现形式,向大家具体讲解 DP 的使用方式,让大家一步步变成 DP 深度用户;DP 最新进展...
首先,确保你已经在Linux系统(我使用的是Mac终端)上做好准备。DeePMD-kit提供了离线、conda和docker三种安装方式,这里我将重点介绍使用conda安装。推荐使用Miniconda,因为它的安装过程相对简单。从Miniconda官网下载适用于MacOS的bash版本安装包,然后在终端运行下载的安装程序。安装过程中,会询问你是否接受许...
深度学习分子模拟软件 DeePMD-kit 开发使用交流会 简介 DeePMD-kit 是围绕深度学习分子模拟方法DeepPotential开发的开源科学软件包。发布一年多以来,DeePMD-kit已被国内外多个研究组使用,涉及物理、化学、材料等多个领域。由于应用与开发需求的不断增加,我们决定定期开展使用交流会。在本次交流会上我们将发布和介绍DeePMD...
本月,Amber和CP2K软件在代码仓库中新增了对DeePMD-kit的原生支持。Amber,作为一款生物分子体系的分子动力学模拟软件,总引用量超过3.1万次。其Sander子程序用于运行分子动力学(MD)模拟。新增的接口将sander与DeePMD-kit连接起来,使DP模型能与半经验QM/MM方法相结合,使用DPRc方法运行MD模拟。接口主要...
DeePMD-kit 是围绕深度学习分子模拟方法DeepPotential开发的开源科学软件包。发布一年多以来,DeePMD-kit已被国内外多个研究组使用,涉及物理、化学、材料等多个领域。由于应用与开发需求的不断增加,我们决定定期开展使用交流会。在本次交流会上我们将发布和介绍...
本文中,作者使用Quantum ESPRESSO程序PWscf,应用可与meta GGA媲美的SCAN泛函,分别对体相金红石TiO2、体相...
盘点4篇使用DeePMD-kit在JACS上发表文章 最近应用DeePMD-kit程序的文章连续发表在JACS上,总结如下: (1)J. Am. Chem. Soc.2022, 144, 23, 10524–10529 索邦大学Damien Laage课题组对该问题的研究。在深度势能(DP)的帮助下,研究者以硝酸和甲酸为例,比较了这两种酸在水溶液中的酸度,及空气-水界面上方和下方...
1. 使用DeePMD-Kit 1.1. 简介 1.2. 简易安装 1.3. 理论 1.4. 如何在五分钟之内Setup一次DeepMD-kit训练 1.5. 上机教程(v2.0.3) 2. Using DP-GEN 案例 1. Gas-Phase 资源 1. Learning Resources 2. Writing Tips Q & A Q & A 本教程告诉你如何使用DeePMD-kit,详细的信息,你可以查看DeePMD-kit文档(...