DeepMD-kit有CPU和GPU两个版本,根据自己需求选择对应的版本: 在控制台输入对应的命令后会自动下载安装,安装过程会下载各种支持软件包,时间相对较长,耐心等待安装完成。 CPU版本: (base)$condacreate-ndeepmddeepmd-kit=*=*cpulibdeepmd=*=*cpulammps-chttps://conda.deepmodeling.org GPU版本: (base)$condacreate...
运行本教程需要安装deepmd-kit和dpdata deepmd-kit安装介绍:https://github.com/deepmodeling/deepmd-kit dpdata支持从vasp, lammps, deepmd, Amber, cp2k等软件读取输入数据,安装介绍可参考:https://github.com/deepmodeling/dpdata 本篇教程的内容可以参考代码注释:https://github.com/deepmodeling/deepmd-kit/blob/...
-DCMAKE_INSTALL_PREFIX后面是指定安装位置,安装前注意安装位置,别安装到系统环境里面去了,不然后期升级DeePMD-kit的版本都不好升级。 make && make install make lammps 这时候目录下会有一个USER-DEEPMD,将这个文件夹cp到lammps的src目录下。 Lammps编译 cp /xx/lammps-29Aug2024/lib/gpu vim Makefile.mpi 如...
DeePMD-kit支持CPU和GPU版本，根据个人需求选择。在终端运行相应命令安装。若需指定版本，替换命令中的*号为版本号。例如，要安装2.1.1版本，相应命令为：GPU版本：CPU版本：安装过程中，可能会遇到问题。为解决这类问题，推荐访问DeePMD-kit官方文档或使用conda-forge channel，执行特定命令以优化安装流程。
DeePMD-kit教程：5分钟快速入门深度势能训练 DeePMD-kit，一款用于深度势能训练的工具，对于新手来说，可能需要更多的用户友好的教程。DP君将简化介绍其5分钟内的基础设置流程。训练流程简单明了，只需三步：准备DFT计算结果的数据，将其转化为DeePMD-kit能识别的格式，然后进行模型训练并保存参数到文件。
DeePMD-kit数据中对每个原子类型是按从0开始的整数编号的。这个参数给了这样的编号系统中每个原子类型一个元素名。其次,我们需要将之前准备好的训练集的路径写入 "systems":["./data/"], 原因是我们的数据写入的文件夹叫"./data/",在当前目录中。这里DP君稍微介绍一下DeePMD-kit中data system的概念。DeePMD-kit...
DeepModeling社区的教程:DeePMD-kit’s documentation — DeePMD-kit documentation (deepmodeling.com) 介绍视频(蔻享):王啸洋:A tutorial introduction to DeePMD-kit (koushare.com) DeePMD-kit的安装 Anaconda的安装 在Linux服务器上使用任何Python为基础的程序包都建议在Anaconda的基础上进行,包括DeePMD-kit,DP-GEN...
跟我学AI建模:分子动力学仿真模拟之DeepMD-kit框架 摘要:分子动力学仿真模拟的重点就在于如何建立模型描述分子间的相互作用。 本文分享自华为云社区《AI建模-分子动力学仿真》,作者: 木子_007 。 一、背景 分子动力学的仿真模拟广泛应用于医药、化学、生物、材料等领域,研究模拟物质的微观结构,可以帮助我们理解物质的...
首先，确保你已经在Linux系统（我使用的是Mac终端）上做好准备。DeePMD-kit提供了离线、conda和docker三种安装方式，这里我将重点介绍使用conda安装。推荐使用Miniconda，因为它的安装过程相对简单。从Miniconda官网下载适用于MacOS的bash版本安装包，然后在终端运行下载的安装程序。安装过程中，会询问你是否接受...