DeepModeling社区的教程:DeePMD-kit’s documentation — DeePMD-kit documentation (deepmodeling.com) 介绍视频(蔻享):王啸洋:A tutorial introduction to DeePMD-kit (koushare.com) DeePMD-kit的安装 Anaconda的安装 在Linux服务器上使用任何Python为基础的程序包都建议在Anaconda的基础上进行,包括DeePMD-kit,DP-GEN...
import dpdata from deepmd.infer import DeepPot import numpy as np # 训练好的模型路径 model_path = '../../model/se_e2_a/water-14000.pb' # 数据集的路径,数据集可以是deepmd的标准格式或者VASP system_path = '../../data/water/data_0' max_nframe_each = 10 type_map = ["O", "H"]...
首先,确保你已经在Linux系统(我使用的是Mac终端)上做好准备。DeePMD-kit提供了离线、conda和docker三种安装方式,这里我将重点介绍使用conda安装。推荐使用Miniconda,因为它的安装过程相对简单。从Miniconda官网下载适用于MacOS的bash版本安装包,然后在终端运行下载的安装程序。安装过程中,会询问你是否接受许...
训练流程简单明了,只需三步:准备DFT计算结果的数据,将其转化为DeePMD-kit能识别的格式,然后进行模型训练并保存参数到文件。 数据处理借助dpdata,一招在手,数据转换快捷方便。例如,将OUTCAR中的1000步MD结果转化为npy格式,分成训练集和测试集。 模型训练阶段,核心是Embedding net和Fitting net...
DP答疑交流活动第六期:DeePMD-kit上机实践 DeepModeling· 2022-11-4 4170 32:27 Bohrium答疑交流活动第六期:DeePMD-kit上机实践 深势科技· 2022-11-3 10650 44:09 张雨佳:深度学习训练(DeePMD-kit 之NVNMD模型训练) + NVNMD上机实战(逐步操作教程) ...
在DeePMD-kit的发展历程中,安装难题曾是新手们的噩梦。2019年,开发者通过一系列优化,将安装流程大大简化。首先,v1版本引入Python接口与C++接口的解耦,通过`pip`一键安装,用户只需预先安装scikit-build和cmake,然后调用`dp -h`即可使用Python接口。然而,遇到PEP-518的包隔离问题后,开发者通过trick...
DeePMD-kit团队在原有模型压缩的基础上,推出了Compressed Training功能。只需在训练指令中添加特定参数,即可利用预压缩的模型graph-compress.pb作为初始模型,大幅减少可学习参数,从而实现快速训练。压缩训练在某些情况下,比如小体系,可实现训练速度3倍以上的提升,减少了微调过程。Compressed Training分为...
跟我学AI建模:分子动力学仿真模拟之DeepMD-kit框架 摘要:分子动力学仿真模拟的重点就在于如何建立模型描述分子间的相互作用。 本文分享自华为云社区《AI建模-分子动力学仿真》,作者: 木子_007 。 一、背景 分子动力学的仿真模拟广泛应用于医药、化学、生物、材料等领域,研究模拟物质的微观结构,可以帮助我们理解物质的...
如果你也想像我一样,(只会)熟练地使用命令行对给定参数和数据进行分子动力学模拟,请参照以下教程食用。 6. Run MD with LAMMPS — DeePMD-kit documentation (https://docs.deepmodeling.org/projects/deepmd/en/master/getting-started/lammps.html)
跟我学AI建模:分子动力学仿真模拟之DeepMD-kit框架,分子动力学仿真模拟的重点就在于如何建立模型描述分子间的相互作用。