释放后的DNA片段会结合在磁珠上,含有的SDS需要清洗干净防止其干扰PCR建库。 图5.文库质检结果,片段集中在200-500bp 呈现周期性规律 最后让我们来看一下爱基的实测数据吧: 图6. CUT&Tag酶切片段分布,转录因子/组蛋白修饰的酶切片段分布呈现周期性; 图7. reads密度分布图,reads在TSS附近呈现明显的富集; 图8. ...
CUT&Tag+RNA-seq关联分析的 5 个套路 CUT&Tag是研究蛋白和DNA互作的新兴实验方法,该方法是通过蛋白特异性抗体引导Protein A-Tn5酶在目标蛋白结合的DNA位置进行切割并且在序列两端加上测序接头,经过PCR扩增后形成可以用于高通量测序的文库,随后对文库进行测序分析从而解析与目标蛋白结合的DNA片段。利用CUT&Tag,我们可以...
最后孵育pAG-Tn5转座体,使得转座体进入细胞并与抗体结合,这样就把转座体间接的固定在靶蛋白上,随后加入Mg2+,激活Tn5酶的切割活性,打断靶蛋白结合的DNA区域。由于Tn5酶连有测序接头,在打断的同时直接在片段化的DNA上加接头,接着提取DNA,进行PCR扩增构...
同时,研究中会通过选择CUT&Tag和RNA-seq结果中的一些代表性位点,设计特异性引物进行实时定量PCR验证,确认目标蛋白是否确实与这些位点结合,并且影响基因表达。以及,研究过程中,还可以通过基因敲除、过表达或RNA干扰等手段,改变目标蛋白的表达水平,观察下游基因表达和细胞表型的变化,间接验证结合位点的功能,确认其在特定生物...
与ChIP-seq相同的是都需要利用抗体识别并结合目标蛋白，不同点在于CUT&Tag技术是利用Tn5转座酶与Protein A/G的融合蛋白，通过二抗把Tn5酶复合体引导至目标染色质区域，Tn5转座酶在剪切DNA的同时，在插入位点连接adapter，再通过PCR扩增制备文库（图1）。与ChIP-seq相比，CUT&Tag具有显著优势，如：信噪比高，可重复性...
CUT&Tag的文库与ChIP-Seq类似,都是200-1000bp左右的文库。测序所得的数据可以用常规的分析软件进行分析,无需特殊的分析软件。一般的实验流程为:细胞与磁珠结合—一抗孵育—二抗孵育—转座体孵育—片段化—DNA提取—PCR构建文库—文库纯化—质检—测序。整个实验流程约10小时。
Protein A-Tn5在细胞内进行核酸切割,PCR之前的反应都在细胞内进行。Henikoff博士通过分配单个细胞到5184纳米孔,再加入带随机标签的引物进行扩增的办法,实现单细胞测序。 图5. 单细胞CUT&Tag测序流程(Henikoff,2019) Part III 翌圣CUT&Tag产品重磅上线 翌圣生物CUT&Tag试剂盒相较于传统的ChIP-seq,优化了反应体系...
细胞量低至1000个细胞以下时,其送样与常规细胞量项目有区别,原则在于避免样本损失,我们建议:将细胞悬在10μL PBS中即可(使用低吸附的PCR管),液氮速冻干冰运输。 试剂盒产品: 我们公司同时提供CUT&Tag assay kit试剂盒,pATn5酶等产品,详情请点击下方链接了解。 CUT&Tag-IT™ Assay Kit - 普瑞麦迪(北京)实验...
CUT&Tag 是蛋白质-DNA 互作关系研究的新方法，能在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA片段，是新一代超微量ChIP-Seq技术，适用于无ChIP级别抗体的蛋白研究。CUT&Tag 有望将蛋白与染色质 DNA 互作的研究变成了一种类似 PCR 反应的常规操作，对基因调控、表观遗传等领域的研究具有重要的意义。2.CUT...
与传统的ChIP-Seq相比,CUT&Tag不需要使用甲醛交联以及免疫共沉淀,而是通过针对靶蛋白(如转录因子、染色质重塑蛋白)的抗体和Protein G/A的介导,使得与Protein G/A融合的Tn5酶在切割DNA片段的同时在序列两端加上测序接头,经PCR扩增后即可形成用于高通量测序的文库(图1)。CUT &Tag技术具有细胞投入量低、信噪比高、实...