CUT&Tag:CUT&Tag是研究蛋白和DNA互作新兴的实验方法,该方法是通过蛋白特异性抗体引导Protein A-Tn5酶精确切割目标蛋白结合的DNA区域,并在这些序列的两端加上测序接头,经过PCR扩增后形成可用于高通量测序的文库,随后对文库进行测序分析从而解析与目标蛋白结合的DNA片段。CUT&Tag技术可以在单个细胞水平上进行高分辨率的蛋白...
CUT&Tag是蛋白-DNA互作的一大革新技术,它不需要使用甲醛交联以及免疫共沉淀,而是通过针对靶蛋白(如转录因子、染色质重塑蛋白)的抗体和Protein A的介导,使得与Protein A融合的Tn5酶(Tagmentase)在切割DNA片段的同时在序列两端加上测序接头,经PCR扩增后形成可以直接用于高通量测序的文库(具体参考图1)。使用CUT&Tag,可以...
(1)CUT&Tag技术进行qPCR检测 事实证明,CUT&Tag实验所获取的DNA片段可以进行qPCR以检测目的条带的富集情况。CUT&Tag-qPCR与ChIP-qPCR类似,定量的长度、方法、引物设计等几乎完全一致。一般的实验流程为:细胞与磁珠结合—一抗孵育—二抗孵育—转座体孵育...
由于Tn5连有测序接头,在打断的同时直接在片段化的DNA上加接头,接着提取DNA,进行PCR扩增构建文库。 一:CUT&Tag实验结果进行qPCR分析 CUT&Tag实验所获取的DNA片段可以进行qPCR以检测目的条带的富集情况。CUT&Tag-qPCR与ChIP-qPCR类似,定量的长度、方法、引物设计等几乎完全一致。一般的实验流程为:细胞与磁珠结合—一抗...
在基于二代短读段测序平台的CUT&Tag相关技术研究中,Tn5转座酶需要分别在具有染色质修饰(组蛋白修饰或转录因子结合)的基因组DNA的两侧进行转座,从而在短DNA片段(通常为200bp-500bp)的两端连接上测序接头,且只有双端带有不同测序接头的...
1.CUT&Tag 是什么？CUT&Tag 是蛋白质-DNA 互作关系研究的新方法，能在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA片段，是新一代超微量ChIP-Seq技术，适用于无ChIP级别抗体的蛋白研究。CUT&Tag 有望将蛋白与染色质 DNA 互作的研究变成了一种类似 PCR 反应的常规操作，对基因调控、表观遗传等领域的研究...
Protein A-Tn5在细胞内进行核酸切割,PCR之前的反应都在细胞内进行。Henikoff博士通过分配单个细胞到5184纳米孔,再加入带随机标签的引物进行扩增的办法,实现单细胞测序。 图5. 单细胞CUT&Tag测序流程(Henikoff,2019) Part III 翌圣CUT&Tag产品重磅上线 翌圣生物CUT&Tag试剂盒相较于传统的ChIP-seq,优化了反应体系...
与传统的ChIP-Seq相比,CUT&Tag不需要使用甲醛交联以及免疫共沉淀,而是通过针对靶蛋白(如转录因子、染色质重塑蛋白)的抗体和Protein G/A的介导,使得与Protein G/A融合的Tn5酶在切割DNA片段的同时在序列两端加上测序接头,经PCR扩增后即可形成用于高通量测序的文库(图1)。CUT &Tag技术具有细胞投入量低、信噪比高、实...
收集大约105个成功转染的活细胞,立即固定在ConA Beads上,并用5% Digitonin(洋地黄皂苷)预处理细胞以结合一抗和二抗以及pG-Tn5转座酶,最后,基于Tn5转座酶酶切和PCR扩增构建转录因子结合DNA文库(A)。为了评估tsCUT&Tag数据的有效性,作者将检测ZmKNOX6结合位点的tsCUT&Tag数据与已发表的提取细胞核的tChIP-seq数据进行...
6. **DNA提取、PCR和纯化**：完成DNA提取后，进行PCR扩增和纯化，准备进行高通量测序。CUT&Tag技术具有多项优势，包括对组蛋白H3K27me3的研究，通过相同的数据量（8M Reads）进行比较分析，发现CUT&Tag具有最低的背景噪声和最强的信号，实验可重复性也优于ChIP-seq。通过对H3K4me1修饰物的分析，证实...