靶向转录因子的 CUT&Tag 主要分别从相邻核小体和因子结合位点产生核小体大小的片段和数量不定的较短片段。核小体表面的DNA标记也发生,用单碱基对分辨率绘制片段长度图揭示了10 bp的锯齿周期性,这是成功的CUT&Tag实验的典型特征。 projPath=/mnt/8_2/way/cuttagdemo1##== linux command ==##mkdir -p$...
利用MACS2软件（Yong Zhang,Tao Liu et al., 2008）(阈值为qvalue<=0.05)完成两样本间峰检分析（peak calling），并对峰的个数、宽度、分布等进行统计,筛选出峰的相关基~因等。结果示例如下：表8. 富集峰(peak)数量统计 （2）富集峰的宽度分布 富集峰的宽度分布如下图所示：图8. 差异Peak富集分布 ...
利用MACS2软件(Yong Zhang,Tao Liu et al., 2008)(阈值为qvalue<=0.05)完成两样本间峰检分析(peak calling),并对峰的个数、宽度、分布等进行统计,筛选出峰的相关基~因等。结果示例如下: 表8. 富集峰(peak)数量统计 (2)富集峰的宽度分布 富集峰的宽度分布如下图所示: 图8. 差异Peak富集分布 (3)富集峰...
利用MACS2软件(Yong Zhang,Tao Liu et al., 2008)(阈值为qvalue<=0.05)完成两样本间峰检分析(peak calling),并对峰的个数、宽度、分布等进行统计,筛选出峰的相关基~因等。结果示例如下: 表8. 富集峰(peak)数量统计 (2)富集峰的宽度分布 富集峰的宽度分布如下图所示: 图8. 差异Peak富集分布 (3)富集峰...
相关性热图和peak-calling 效率比较 4 能对极少量细胞甚至单细胞进行分析 得益于pA-Tn5酶的高敏感性,CUT&Tag技术可在单细胞水平实现DPI的分析。 single cell CUT&Tag (scCUT&Tag)实验工作流程 [3] 5 Peak在基因功能元件上的分布 为了进一步研究蛋白修饰的结合位...
利用MACS2软件(Yong Zhang,Tao Liu et al., 2008)(阈值为qvalue<=0.05)完成两样本间峰检分析(peak calling),并对峰的个数、宽度、分布等进行统计,筛选出峰的相关基~因等。结果示例如下: 表8. 富集峰(peak)数量统计 4.2 富集峰的宽度分布 富集峰的宽度分布如下图所示: 图8. 差异Peak富集分布 4、3 富集...
利用MACS2软件(Yong Zhang,Tao Liu et al., 2008)(阈值为qvalue<=0.05)完成两样本间峰检分析(peak calling),并对峰的个数、宽度、分布等进行统计,筛选出峰的相关基~因等。结果示例如下: 表8. 富集峰(peak)数量统计 (2)富集峰的宽度分布 富集峰的宽度分布如下图所示: ...
得益于CUT&Tag实验流程上的改进,相较于ChIP-seq,CUT&Tag具有以下几个特点: ①不需甲醛交联,无需超声破碎,细胞起始量低(60个细胞,甚至单个细胞); ②背景噪音低、信噪比高,不需要Input对照; ③实验重复结果一致性好,peak-calling的效率更高; ④使用Tn5转座酶代替传统的超声打断,靶向性更强。
step2:SEACR peak calling【macs3足够好用】 有两种策略,一种是直接用control来call,另一种是对case和control分别call,下游再用DiffBind来处理。 step3:generate bigwig - smooth=30 & bin=10 step4:select best replicates for downstream analysis 【这个才是最重要的,原始的测序样本才是核心关键,这次处理的SOX9...
这两个质控步骤可以先做第一个,第二个TSS富集峰图需要在peak calling和转换文件格式为.bw之后,使用Deeptools工具作图。 Reads Shifting 质控后还有一个步骤是进行reads shifting,前面说过Tn5酶切过程中会在上下游产生一个缺口,因此需要将正链正向移动4bp,负链负向移动5bp。