CTCF ChIP-seq CTCF ChIP-seq CTCF(CCCTC binding factor),是CTCF基因编码的转录因子 ,与绝缘子的活性相关。 CTCF蛋白在印记调控区域(imprinting control region,ICR)和分化甲基化区域1(differentially-methylated region-1,DMR1)和MAR3结合抑制胰岛素样生长因子2(Igf2)基因的过程中起重要作用。CTCF与靶顺序因子的结合...
通过CBE序列预测和CTCF ChIP-seq结果,研究者发现VH5-1 RSS下游虽然具有CBE的基本同源序列,但是由于CpG甲基化的存在阻止了其结合CTCF,因而其不是一个功能性的CBE。于是研究者通过精准突变4个bp破坏了CpG甲基化位点后发现,神奇的事情发生了——VH5-1竟然变成了重排能力最强的VH!进一步3C-HTGTS的互作实验也检测到了 ...
ATAC-seq/chip-seq 研究基因的转录调控 甲基化芯片来研究甲基化的调控作用 RNA-seq 来研究基因表达的变化 RIP-seq 研究在转录后调控的信息 我们可以通过ENCODE数据库来检索自己想要的数据。类似很多转录调控数据库也是在ENCODE数据库获得目标原始数据后,进行分析后构建的自己数据库。 数据统计 目前ENCODE数据不止是包括...
Chip-seq实验:可以看转录因子,自己也可以看转录因子间相互作用。 研究对象:组蛋白 === 组蛋白甲基化 PAGE是一种---定性方法 Eg:H3组蛋白和Ac-H4修饰 质谱是一种定量方法 ChIp-PCR是一种定量方法 ChIp-CHIP芯片 CHIP-seq workflow 资料:Snyder M Group. Genome Res. 22:1813-1831 (2012) 文中阐述CHIP-seq...
将RBRi替换后,小鼠细胞内TAD的数目和强度都有所减少,其中大部分同TAD边缘CTCF和Cohesin的ChIP-seq信号变化一致。RBRi的替换也使得Micro-C热图上的条带(strip)变长,这符合loop extrusion模型的假设。而loop的改变更为有趣--有些loop完全明显削弱(38%~57%),而有些loop却完好无损,甚至增强了。研究者于是将loop...
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CTCF 介导不同类型染色质相互作用的研究 第 1 章 前言 1.1 研究背景 CCCTC 序列结合因子,即 CTCF,是一种广泛表达的多功能锌 指蛋白,具有经典的 C2H2 型 DNA 结合结构域,其蛋白序列结构 如图 1.1 所示。CTCF 目前被认为是脊椎动物中唯一的绝缘子蛋 白,从果蝇到哺乳动物,其氨基酸序列高度保守 [1],核心区域的 ...
ChIP-seq provides a wealth of information on the approximate location of DNA-binding proteins genome-wide. It is known that the targeted motifs in most cases can be found at the peak centers. A high resolution mapping of ChIP-seq peaks could in principle
termed Computational Chromosome Conformation Capture by Correlation of ChIP-seq at CTCF motifs (7C). We applied 7C to all CTCF motif pairs within 1 Mb in the human genome and validated predicted interactions with high-resolution Hi-C and ChIA-PET. A single ChIP-seq experiment from known ar...