1:ChIP-Seq数据是基因组特异性富集的序列的测序结果,包括组蛋白修饰ChIP-Seq(H3K4me3/启动子相关/narrowpeak、H3K4me1/增强子相关/narrowpeak、H3K27ac/增强子相关/broadpeak)、转录因子ChIP-Seq(CTCF/绝缘子相关/narrowpeak、pol II/转录起始/narrowpeak)、DNA富集序列(DNase-Seq/弱DNA酶消化/活性区域、MNase-Seq/...
1:ChIP-Seq数据是基因组特异性富集的序列的测序结果,包括组蛋白修饰ChIP-Seq(H3K4me3/启动子相关/narrowpeak、H3K4me1/增强子相关/narrowpeak、H3K27ac/增强子相关/broadpeak)、转录因子ChIP-Seq(CTCF/绝缘子相关/narrowpeak、pol II/转录起始/narrowpeak)、DNA富集序列(DNase-Seq/弱DNA酶消化/活性区域、MNase-Seq/...
图6:不同细胞量mESCs的uliCUT&RUN数据结果[4] 将不同细胞量mESC的uliCUT&RUN数据中的CTCF和H3K4me3测序结果与已有文献发表的ChIP-seq数据进行read密度可视化比较,发现10个细胞起始量的测序结果可以展现出类似50万细胞量的结合位点富集热图。其中CTCF的结合区更为狭窄集中,而H3K4me3则占据相对宽的区段。 ✦CUT&...
超低输入的CUT&RUN(uliCUT&RUN)将该方法进一步提高到单细胞水平。研究人员发现,通过这种方法,CTCF在hESC细胞中的结合位点较为集中,而H3K4me3占据的区域相对较广。同时,对SOX2和Nanog的结合模式以及胚胎早期发育中的其他重要转录因子也进行了精确的描述。 靶标下切割和标记(Cut&Tag)是另一种可以在低细胞输入样本甚至...
3、共结合位点上的ChIP-seq信号强度分析:对FOXA1、GATA3以及CTCF在共结合位点上的ChIP-seq信号强度进行了分析,发现FOXA1和GATA3在共结合位点上的信号强度明显高于它们在单独NR2F2或ERα结合位点上的信号强度,这进一步说明了NR2F2、FOXA1、GATA3以及ERα在这些位点上可能形成了复杂的调控网络,共同参与了ERα介导的...
质量好的ChIP-Seq数据集倾向产生一个大的片段长度峰(fragment-length peak),下图展示了一个来自于人细胞CTCF(zinc-finger transcription factor)的强信号。如果有好的抗体,转录因子通常产生45,000~60,000个peaks。下图红色的垂直线表示主峰的真实位移,蓝色的垂直线处有一个小的起伏表示read lenngth。
CTCF是控制染色质高级结构和表观遗传的关键蛋白,具有组织染色质高级结构、调控基因转录、作为绝缘子蛋白、参与遗传印记和参与选择性剪接等多种功能。CTCF突变会引起人类小头畸形症和智力低下;条件敲除CTCF,能够引发小鼠神经元缺失并阻断淋巴细胞的增殖和分化,增加肿瘤发生的机会;CTCF还可以帮助细胞抵抗凋亡和UV带来的伤害。
超低输入的CUT&RUN(uliCUT&RUN)将该方法进一步提高到单细胞水平。研究人员发现,通过这种方法,CTCF在hESC细胞中的结合位点较为集中,而H3K4me3占据的区域相对较广。同时,对SOX2和Nanog的结合模式以及胚胎早期发育中的其他重要转录因子也进行了精确的描述。 靶标下切割和标记(Cut&Tag)是另一种可以在低细胞输入样本甚至...
质量好的ChIP-Seq数据集倾向产生一个大的片段长度峰(fragment-length peak),下图展示了一个来自于人细胞CTCF(zinc-finger transcription factor)的强信号。如果有好的抗体,转录因子通常产生45,000~60,000个peaks。下图红色的垂直线表示主峰的真实位移,蓝色的垂直线处有一个小的起伏表示read lenngth。
超低输入的CUT&RUN(uliCUT&RUN)将该方法进一步提高到单细胞水平。研究人员发现,通过这种方法,CTCF在hESC细胞中的结合位点较为集中,而H3K4me3占据的区域相对较广。同时,对SOX2和Nanog的结合模式以及胚胎早期发育中的其他重要转录因子也进行了精确的描述。 靶标下切割和标记(Cut&Tag)是另一种可以在低细胞输入样本甚至...