CTCF是控制染色质高级结构和表观遗传的关键蛋白,具有组织染色质高级结构、调控基因转录、作为绝缘子蛋白、参与遗传印记和参与选择性剪接等多种功能。CTCF突变会引起人类小头畸形症和智力低下;条件敲除CTCF,能够引发小鼠神经元缺失并阻断淋巴细胞的增殖和分化,增加肿瘤发生的机会;CTCF还可以帮助细胞抵抗凋亡和UV带来的伤害。
在3D水平上，CTCF和先锋转录因子形成调控中心来控制细胞身份基因的表达。上述机制已使用MyoD缺失小鼠、CTCF敲除小鼠和生肌分化过程中的CRISPR编辑进行了验证。文中ATAC-seq实验由上海嘉因生物协助完成。END 上海嘉因生物 2014年伊始 专注表观遗传10年 更专业 更放心1嘉因生物-ATAC-seq介绍ATAC-seq（Assay for Transposase...
与ATAC-seq和CTCF Cut&Run的分析结果不同,DARs周围的DNA甲基化水平在对照组和CTCF耗竭组之间没有发现有差异性(图S9A)。接下来分析差异甲基化区域(DMRs),发现只有49个显著差异区域(图S9B)。进一步检查这些增强的DMRs富集的motif,并没有发现CTCF或黏连蛋白(图S9C),表明这些DMRs与CTCF占用没有直接关联。总之,研究...
Eg:EKLF打掉红细胞就不能运输氧气。 CTCF组织染色体结构的作用,可以使得性染色体失活,作为检测疾病的指标。在转录过程中的情况: 调控基因印记,父源gene甲基化不能表达,母源gene有CTCF(impromoter)没甲基化能表达: A-USF在胚胎发育中的作用结果: 机制是 HATs组蛋白乙酰化阻断酶或者它组成复合物,改变下游gene开放程度...
Recovery of known enhancers and CTCF footprinting by ATAC-seq.doi:10.1371/journal.pgen.1004994.g003Davie KristoferJacobs JelleAtkins MardelleP. DelphineChristiaens ValerieHalder GeorgA. SteinPLOS Genetics
刷刷题APP(shuashuati.com)是专业的大学生刷题搜题拍题答疑工具,刷刷题提供ChIP-seq数据分析会有不同类型的峰,CTCF结合位点的峰是窄峰,RNA Pol II结合位点的峰是宽峰。()A.正确B.错误的答案解析,刷刷题为用户提供专业的考试题库练习。一分钟将考试题Word文档/Excel文
CTCF ChIP-seq CTCF(CCCTC binding factor),是CTCF基因编码的转录因子 ,与绝缘子的活性相关。 CTCF蛋白在印记调控区域(imprinting control region,ICR)和分化甲基化区域1(differentially-methylated region-1,DMR1)和MAR3结合抑制胰岛素样生长因子2(Igf2)基因的过程中起重要作用。CTCF与靶顺序因子的结合可阻断增强子和启...
为了研究CTCF耗竭对全基因组染色质可及性的影响,对有或无IAA处理的CTCFAID细胞进行了ATAC-seq,同时野生型SEM细胞和通过CRISPR敲除两个不相关靶点USF1和USF2的SEM细胞作为对照。总的来说,共发现了8876个显著降低的差异可及性区域(DARs), 8042个可及性显著增加的DARs。热图和峰值信号强度结果都证实了DARs具有高度重现...
Perm-seq analysis of GM12878 Ctcf and Sin3a ChIP-seq dataset with DNase-seq and Histone ChIP-seq priors.Xin, ZengBo, LiRene, WelchConstanza, RojoYe, ZhengColin, N. DeweySunduz, Keles
7C:Computational Chromosome Conformation Capture by Correlation of ChIP-seq at CTCF motifsChromatin interactions, Three-dimensional genome architecture, Transcription factors, ChIP-seq, 3C, 4C, 5C, Hi-C, 6C, ChIA-PET, 7C, Prediction, Chromatin loops...