CTCF是控制染色质高级结构和表观遗传的关键蛋白,具有组织染色质高级结构、调控基因转录、作为绝缘子蛋白、参与遗传印记和参与选择性剪接等多种功能。CTCF突变会引起人类小头畸形症和智力低下;条件敲除CTCF,能够引发小鼠神经元缺失并阻断淋巴细胞的增殖和分化,增加肿瘤发生的机会;CTCF还可以帮助细胞抵抗凋亡和UV带来的伤害。
张颐骏同学以原钙粘蛋白为模式基因,通过CRISPR DNA片段编辑技术在细胞和小鼠模型中将CTCF进行定点突变,并结合RNA-seq、ChIP-seq、QHR-4C和Hi-C等技术,深入探究了CTCF氨基端结构域对粘连蛋白复合体在染色质上滑动的调控作用。研究发现相较于原钙粘...
CTCF是控制染色质高级结构和表观遗传的关键蛋白,具有组织染色质高级结构、调控基因转录、作为绝缘子蛋白、参与遗传印记和参与选择性剪接等多种功能。CTCF突变会引起人类小头畸形症和智力低下;条件敲除CTCF,能够引发小鼠神经元缺失并阻断淋巴细胞的增殖和分化,增加肿瘤发生的机会;CTCF还可以帮助细胞抵抗凋亡和UV带来的伤害。
开发跨生物背景的 CTCF 结合活性的综合注释:由于基于 CTCF ChIP-seq Z 分数阈值筛选 CBS 存在可变性和重复性问题,因此将 CTCF 在每个 rDHS 的结合活性通过对其在所有生物样本中的结合活性 Z 分数分布进行元分析(平均 = 2.58,标准差 = 10.14)量化为单个指标,即结合活性。为验证结合活性在区分具有稳健活性的 CBSs ...
首先，作者通过对发育中的小鼠四肢进行CTCF ChIP-seq，确定在Epha4-Pax3（简称EP）边界区域存在6组CBSs。并且，由CBSs所编码和调控的EP元件具有绝缘性能。边界区域往往主要由CBSs构成，这也提示了此位点数目很可能与其功能相关。作者确定，CBS的数目的确可以影响其绝缘性，但每一个位点的独特特征是决定边界区域生物学...
高通量测序技术:如ChIP-seq、ATAC-seq,结合三维基因组学技术(Hi-C),解析CTCF介导的染色质互作网络。 生物信息学分析 通过机器学习模型预测CTCF结合位点,并结合多组学数据(如表观基因组、转录组)揭示其动态调控规律。 五、研究进展与展望 近期,高亚威/张勇/高绍荣团队发现,小鼠早期胚胎中CTCF结合位点...
故前述ChIP-seq结果反映了生化亲和力的差异。但需要指出的是CTCF对DNA序列的亲和力始终低于其与Jpx RNA的亲和力。于是作者猜测Jpx RNA是通过竞争性抑制的方式拮抗CTCF结合低占有率位点。为此,作者进行了竞争结合试验,结果显示Jpx在2-4 nM浓度时即可将...
通过 ChIP-seq 分析,研究人员发现 CTCF 缺失影响了 GATA1 在基因组上的结合,导致部分 GATA1 结合区域减少,且这些区域主要位于远端调控区域 。此外,研究还验证了一些 GATA1 抑制的靶标,如 KIT 和 GATA2,发现 CTCF 通过远端染色质可及性区域抑制 GATA2 的表达。
张颐骏同学以原钙粘蛋白为模式基因,通过CRISPR DNA片段编辑技术在细胞和小鼠模型中将CTCF进行定点突变,并结合RNA-seq、ChIP-seq、QHR-4C和Hi-C等技术,深入探究了CTCF氨基端结构域对粘连蛋白复合体在染色质上滑动的调控作用。研究发现相较于原钙粘蛋白阿尔法和伽马基因簇,原钙粘蛋白贝塔基因簇在CTCF定点突变后受到的...
通过CBE序列预测和CTCF ChIP-seq结果,研究者发现VH5-1 RSS下游虽然具有CBE的基本同源序列,但是由于CpG甲基化的存在阻止了其结合CTCF,因而其不是一个功能性的CBE。于是研究者通过精准突变4个bp破坏了CpG甲基化位点后发现,神奇的事情发生了——VH5-1竟然变成了重排能力最强的VH!进一步3C-HTGTS的互作实验也检测到了 ...