CTCF是控制染色质高级结构和表观遗传的关键蛋白,具有组织染色质高级结构、调控基因转录、作为绝缘子蛋白、参与遗传印记和参与选择性剪接等多种功能。CTCF突变会引起人类小头畸形症和智力低下;条件敲除CTCF,能够引发小鼠神经元缺失并阻断淋巴细胞的增殖和分化,增加肿瘤发生的机会;CTCF还可以帮助细胞抵抗凋亡和UV带来的伤害。
Chip-seq实验:可以看转录因子,自己也可以看转录因子间相互作用。 研究对象:组蛋白 === 组蛋白甲基化 PAGE是一种---定性方法 Eg:H3组蛋白和Ac-H4修饰 质谱是一种定量方法 ChIp-PCR是一种定量方法 ChIp-CHIP芯片 CHIP-seq workflow 资料:Snyder M Group. Genome Res. 22:1813-1831 (2012) 文中阐述CHIP-seq...
利用具有完全偏态 XCI 的种间小鼠系统,基于单核苷酸多态性(SNP)来区分 Xi 和活性 X 染色体(Xa)。运用染色质免疫沉淀测序(ChIP-seq)、切割与运行(CUT&RUN)、转座酶可及染色质测序(ATAC-seq)等技术,系统地研究了 CTCF 结合模式和表观遗传特征。还通过染色体构象捕获(3C)结合高通量染色体构象捕获(Hi-C)分析,来...
通过CBE序列预测和CTCF ChIP-seq结果,研究者发现VH5-1 RSS下游虽然具有CBE的基本同源序列,但是由于CpG甲基化的存在阻止了其结合CTCF,因而其不是一个功能性的CBE。于是研究者通过精准突变4个bp破坏了CpG甲基化位点后发现,神奇的事情发生了——VH5-1竟然变成了重排能力最强的VH!进一步3C-HTGTS的互作实验也检测到了 ...
将RBRi替换后,小鼠细胞内TAD的数目和强度都有所减少,其中大部分同TAD边缘CTCF和Cohesin的ChIP-seq信号变化一致。RBRi的替换也使得Micro-C热图上的条带(strip)变长,这符合loop extrusion模型的假设。而loop的改变更为有趣--有些loop完全明显削弱(38%～57%),而有些loop却完好无损,甚至增强了。研究者于是将loop...
ATAC-seq/chip-seq 研究基因的转录调控 甲基化芯片来研究甲基化的调控作用 RNA-seq 来研究基因表达的变化 RIP-seq 研究在转录后调控的信息 我们可以通过ENCODE数据库来检索自己想要的数据。类似很多转录调控数据库也是在ENCODE数据库获得目标原始数据后,进行分析后构建的自己数据库。
ChIP/ChIP-seq * 1-2 µg per ChIP Fig 1, 2 CUT&Tag 1 µg Fig 3 ELISA 1:1,000 - 1:10,000 Fig 4 Western Blotting 1:1,000 Fig 5 * Please note that the optimal antibody amount per IP should be determined by the end-user. We recommend testing 1-10 µg per IP.Validation...
ChIP-seq signals at loop anchor regions close to the directly bound site. We use the position and shape of ChIP-seq signals around CTCF motif pairs to predict whether they interact or not. We implemented this approach in a prediction method, termed Computational Chromosome Conformation Capture by...
划相关数据库中关于 CTCF 结合位点的 70 个细胞系的 ChIP-seq 数 据,以及关于 CTCF 相互作用的 2 个细胞系的 ChIA-PET 数据为基 础,同时整合其它 160 个转录因子的结合位点信息及不同层次的表 观基因组学数据,结合多种基因信息数据库,利用 R、MEME suite、cytoscape、circos、DAVID 等多种生物信息学分析工...
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