2嘉因生物-ATAC-seq优势优势一 自2017年开展ATAC-seq技术服务以来，协助发表近100篇ATAC-seq文章。助力发表过多篇物种内首篇ATAC-seq文章。优势二 数据高标准交付优势三 组织样本使用illumina原厂Tn5酶优势四 积累5年超过5000多例项目的冷冻组织提核实践，涉及干细胞、软骨，神经元、胎盘，各种昆虫等高难度样本类型。
通过 ATAC-seq 分析,研究人员发现,CTCF 缺失后,HUDEP-2 和 HEL 细胞系中染色质可及性区域显著减少,且减少的区域主要位于增强子区域,与 CTCF 基序距离更近 。此外,CTCF 和 CTCF 样因子(CTCFL)基序在减少的区域中显著富集,而一些参与红细胞生成和造血作用的主转录因子,如 GATA1/2、TAL1、MEIS1 和 NFY 等,...
Hi-C可以与RNA-seq、ChIP-seq、ATAC-seq和WGBS(全基因组甲基化测序技术)等数据进行联合分析,从基因调控网络和表观遗传网络来阐述生物体表型形成的相关机制。而其中ATAC-seq技术是继FAIRE-seq、MNase-seq、DNase-seq目前最火热的研究染色质开放性的新技术,自2013年后,文章的发表量逐年攀升。百迈客已做好承接各种...
Hi-C可以与RNA-seq、ChIP-seq、ATAC-seq和WGBS(全基因组甲基化测序技术)等数据进行联合分析,从基因调控网络和表观遗传网络来阐述生物体表型形成的相关机制。而其中ATAC-seq技术是继FAIRE-seq、MNase-seq、DNase-seq目前最火热的研究染色质开放性的新技术,自2013年后,文章的发表量逐年攀升。百迈客已做好承接各种...
高通量测序技术:如ChIP-seq、ATAC-seq,结合三维基因组学技术(Hi-C),解析CTCF介导的染色质互作网络。 生物信息学分析 通过机器学习模型预测CTCF结合位点,并结合多组学数据(如表观基因组、转录组)揭示其动态调控规律。 五、研究进展与展望 近期,高亚威/张勇/高绍荣团队发现,小鼠早期胚胎中CTCF结合位点...
ATAC-seq鉴定出每个物种25-62个潜在顺式调节元件,其中5%-27%在成对物种比较中具备保守的ATAC信号。Fat1-enh是一种普遍保守的远端元素,RNA-seq发现删除其后对Fat1肢体表达没有影响,表明多个增强子冗余促进其表达。这表明Fat1与结构稳定...
ATAC-seq和scRNA-seq分析表明,在分化过程中,谱系特异性基因的转录激活依赖于广泛的表观基因组重塑。上述研究表明,在胰腺细胞分化过程中增强子和抑制子等调控元件受到染色质修饰的影响。尽管已取得上述进展,增强子和组蛋白修饰如何在染色质远...
CTCF-K20突变导致mES细胞向心肌中胚层分化异常 研究人员进一步对CTCF-K20调控mES细胞向中胚层心肌分化的机制进行探索，发现CTCF-K20突变导致部分CTCF位点结合显著下降。CTCF ChIP-seq与ATAC-seq联合分析发现CTCF结合强度的变化与染色质开放性的变化具有良好的相关性，CTCF结合下降的位点染色质开放性也明显下降。与BL-Hi-...
ATAC-seq/chip-seq 研究基因的转录调控 甲基化芯片来研究甲基化的调控作用 RNA-seq 来研究基因表达的变化 RIP-seq 研究在转录后调控的信息 我们可以通过ENCODE数据库来检索自己想要的数据。类似很多转录调控数据库也是在ENCODE数据库获得目标原始数据后,进行分析后构建的自己数据库。
Second, ATAC-seq analysis showed that CTCF sites display greatly reduced accessibility and lose the CTCF footprint in prometaphase, suggesting loss of CTCF binding and rearrangement of the nucleosomal array around the binding motif. In contrast, transcription start sites remain accessible in pro...