ChIPseq 的一个共同目标是表征全基因组转录因子结合位点或表观遗传状态。 转录因子结合位点和表观遗传事件的存在通常在其假定目标基因的背景下进一步分析,以表征转录因子和表观遗传事件的功能和/或生物学作用。 随着ENCODE 对转录因子结合位点或表观遗传状态的大规模映射的发布以及用于高通量测序的多重技术的出现,重复 ...
缘由: 之前翻译了一篇单细胞ChIP文章单细胞ChIP-seq技术(CoBATCH) 看到有这个图,大概意思 :将H3K27ac 位点及其细胞分别进行了层次聚类,使用HOMER进行每个enhancer module de nove TF, 使用GREAT进行GO富集分析。使用二项分布进行P-Value。 image.png 以为就是行是很多peak 位置,列是不同细胞的count matrix聚类热图,...
Plan A:ChIP-seq,最直接,最有效 Plan B:DNase-seq/ATAC-seq 或 RNA-seq,曲线救国; 与ChIP-seq整合分析更准确 Plan C:基于motif预测 由于ChIP-seq的直接与有效性,我们此处着重介绍CHIP-seq方法:通过前期实验与建库测序得到原始下机数据,随后将CHIP实验交联蛋白附近的DNA片段对比上基因组的显著富集区域通...
BATF ChIP-seq峰的全基因组分布如图5D所示。作者对CAR-T细胞中由BATF结合的区域进行了motif分析,并发现Top的motif序列是激活蛋白1(AP-1)结合motif(TGA[G/C]TCA)(图5E),与此前的报道一致。 为了评估BATF是否直接调控T细胞衰竭,作者将人类衰竭相关基因与BATF结合的基因重叠,发现BATF与很大一部分T细胞衰竭相关基因...
DAP-Seq(DNA亲和纯化测序) | 传统的ChIP-seq 是进行体内检测 TFBS 的主要方法,繁琐步骤和材料需求阻拦了很多科研进程。DNA亲和纯化测序方法,成功将体内结合实验转移到体外,解决了ChIP抗体制备的困扰,极大的提高 DNA Binding Site发现的效率。 DAP-seq不仅能够超高通量查找TFBS,还能深入了解众多TF的生物学特性和结合位...
DoRothEA是一种包含转录因子(TF)与其靶标相互作用的基因集资源。一个TF及其对应靶点的集合被定义为调节子(regulons)。DoRothEA regulons 收集了不同类型的证据,例如文献,ChIP-seq peaks,TF结合位点基序以及从基因表达推断相互作用等。 image.png DoRothEA regulon可以与几种统计方法结合使用,从而产生一种功能分析工具,...
通过对αIRF4 ChIP-seq读出报告准确地标准化每个IRF4结合位点,作者发现大多数IRF4结合位点峰在BATF过表达细胞下降,且这些结合位点存在重分布,可能是由野生型BATF过表达细胞IRF4表达减少引起的(图7c)。但是为什么BATF过表达细胞中有...
那首先,什么是转录因子呢?维基百科中是这么说的:转录因子(Transcription factor)是指能够结合在某基因上游特异核苷酸序列上的蛋白质,这些蛋白质能调控其基因的转录。方法是转录因子可以调控核糖核酸聚合酶(RNA聚合酶,或叫RNA合成酶)与DNA模板的结合。 转录因子的本质是与DNA特异性结合的一系列蛋白质。一般有不同的功能...
$ git clone https://github.com/kundajelab/TF_chipseq_pipeline Dependencies Install software dependencies automatically. It will create two conda environments (aquas_chipseq and aquas_chipseq_py3) under your conda. $ bash install_dependencies.sh ...
The performance of a TF model can be evaluated by its capability to discriminate between bound and non-bound regions as determined from a ChIP-Seq experiment. 来自 figshare.com 喜欢 0 阅读量: 14 作者:GM Eugenio,S Stéphane,C Céline,P François ...