ChIPseq 的一个共同目标是表征全基因组转录因子结合位点或表观遗传状态。 转录因子结合位点和表观遗传事件的存在通常在其假定目标基因的背景下进一步分析,以表征转录因子和表观遗传事件的功能和/或生物学作用。 随着ENCODE 对转录因子结合位点或表观遗传状态的大规模映射的发布以及用于高通量测序的多重技术的出现,重复 ...
缘由: 之前翻译了一篇单细胞ChIP文章单细胞ChIP-seq技术(CoBATCH) 看到有这个图,大概意思 :将H3K27ac 位点及其细胞分别进行了层次聚类,使用HOMER进行每个enhancer module de nove TF, 使用GREAT进行GO富集分析。使用二项分布进行P-Value。 image.png 以为就是行是很多peak 位置,列是不同细胞的count matrix聚类热图,...
BATF ChIP-seq峰的全基因组分布如图5D所示。作者对CAR-T细胞中由BATF结合的区域进行了motif分析,并发现Top的motif序列是激活蛋白1(AP-1)结合motif(TGA[G/C]TCA)(图5E),与此前的报道一致。 为了评估BATF是否直接调控T细胞衰竭,作者将人类衰竭相关基因与BATF结合的基因重叠,发现BATF与很大一部分T细胞衰竭相关基因...
Plan A:ChIP-seq,最直接,最有效 Plan B:DNase-seq/ATAC-seq 或 RNA-seq,曲线救国; 与ChIP-seq整合分析更准确 Plan C:基于motif预测 由于ChIP-seq的直接与有效性,我们此处着重介绍CHIP-seq方法:通过前期实验与建库测序得到原始下机数据,随后将CHIP实验交联蛋白附近的DNA片段对比上基因组的显著富集区域通...
DAP-Seq(DNA亲和纯化测序) | 传统的ChIP-seq 是进行体内检测 TFBS 的主要方法,繁琐步骤和材料需求阻拦了很多科研进程。DNA亲和纯化测序方法,成功将体内结合实验转移到体外,解决了ChIP抗体制备的困扰,极大的提高 DNA Binding Site发现的效率。 DAP-seq不仅能够超高通量查找TFBS,还能深入了解众多TF的生物学特性和结合位...
那首先,什么是转录因子呢?维基百科中是这么说的:转录因子(Transcription factor)是指能够结合在某基因上游特异核苷酸序列上的蛋白质,这些蛋白质能调控其基因的转录。方法是转录因子可以调控核糖核酸聚合酶(RNA聚合酶,或叫RNA合成酶)与DNA模板的结合。 转录因子的本质是与DNA特异性结合的一系列蛋白质。一般有不同的功能...
遗传学研究首先证实这2个功能遗传变异在东亚人群中与精神分裂症显著相关,且来自于encode的chip-seq、dnase-seq及组蛋白修饰数据表明这2个功能遗传变异位于具有转录活性调控区域(即调控元件)内,并与ctcf、rad21和foxp2转录因子结合。进一步... 分享 1 1 兰州大学吧 杭州专肽赵经理 胃癌中hippo信号丢失的分子机制并...
通过对αIRF4 ChIP-seq读出报告准确地标准化每个IRF4结合位点,作者发现大多数IRF4结合位点峰在BATF过表达细胞下降,且这些结合位点存在重分布,可能是由野生型BATF过表达细胞IRF4表达减少引起的(图7c)。但是为什么BATF过表达细胞中有...
二):Boot Seq & Floppy Setup -- 设置系统启动盘的顺序 1):Removable Device Priority -- 选择软驱或移动盘启动 如果你只是硬盘启动的话这一项先不要设置 2):Hard Disk Boot Priority -- 硬盘启动 图9 如果你有安装多个硬盘,可以通过按"Page up/Down"来调整硬盘的顺序,最上面一个将被默认为启动盘. ...